Problemi con TANPAKU

[Heric]

Un saluto a tutti.

Da un pochino di tempo oramai sto cercando di joinare questo progetto senza riscontro.
Non riesco ad accedere all'home page del sito:
http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/index_E.php

Per cui ho provato pure a creare un account tramite il BOINC Manager, ma nulla di fatto...

Dove sbaglio?
Sapete darmi qualche dritta?

Ciao,
Heric

[GHz]

Io riesco a caricare l'homepage, non ho provato però a fare l'attach....e i server sembrano up...

[Heric]

Originariamente inviato da GHz

Io riesco a caricare l'homepage, non ho provato però a fare l'attach....e i server sembrano up...

Sbaglio io qualcosa, lo so... Su BoincStats, vedo che gli utenti macinano crediti...

Se provo a caricare l'home page, ricevo questo errore:



Su Boinc Manager, invece:



E' l'unico che da problemi...

[djtux]

A me è appena capitato lo stesso errore sul Boinc Manager... subito dopo ho scoperto che avevo già fatto l'attach a TANPAKU!
Devo ancora capire in che cosa differisce TANPAKU rispetto ad esempio a Rosetta@home... e perché dicono che il loro metodo (quello dei giapponesi) è migliore...
Heric, che pc usi per QMC@home? (procio e ram)

[Heric]

Originariamente inviato da djtux

A me è appena capitato lo stesso errore sul Boinc Manager... subito dopo ho scoperto che avevo già fatto l'attach a TANPAKU!

Beato te, io non riesco a cavarci fuori i piedi... Oramai ci ho rinunciato...

Originariamente inviato da djtux

Heric, che pc usi per QMC@home? (procio e ram)

Ho un solo PC, purtroppo, su cui dividere i vari progetti ...
Pentium IV @ 2.8 GHz, 1GB ram...

[djtux]

Anche io purtroppo ho un solo pc: AMD Athlon64 3200 e 1 GB di ram.
Comunque non mollare!!! riprovaci!
Inoltre prova a postare qui ciò che ti dice BOINC nella schermata "Messages".

[Heric]

Originariamente inviato da djtux

Inoltre prova a postare qui ciò che ti dice BOINC nella schermata "Messages".

Se può servire a capire, più che volentieri...


31/12/2006 2.29.00||Fetching configuration file from http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/i...ect_config.php
31/12/2006 2.29.15||Project communication failed: attempting access to reference site
31/12/2006 2.29.15||Access to reference web site failed - check network connection or proxy configuration.
31/12/2006 2.30.01||Rescheduling CPU: application exited

[djtux]

Heric, forse ho la soluzione! Prova a fare l'attach inserendo l'home page giapponese del progetto, ovvero: http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/index.php
e non:
http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/index_E.php

[Heric]

Grazie davvero per l'interessamento!
Ma purtroppo devo dire che non funziona ugualmente..

[djtux]

Figurati! è un piacere aiutare gli altri!

1. Prova a caricare l'home page sia in inglese che in giapponese con Firefox >> www.mozilla.org; (almeno questo problema riuscirai sicuramente a risolverlo...spero )
2. se usi qualche proxy server per connetterti, configurali in BOINC;
3. controlla le impostazioni del tuo firewall;

Sul sito di Tanpaku non c'è nessuna FAQ o roba del genere che ti dica cosa devi fare in casi come questi... o magari i link alle FAQ sono presenti, ma nelle pagine in giapponese del sito...

Per il momento non mi viene in mente nulla di più... e il sito di Tanpaku non aiuta affatto...

Comunque nel frattempo se vuoi macinare WUs sulle proteine puoi fare l'attach per Proteins@home >> http://biology.polytechnique.fr/proteinsathome
che è entrato da poco nella lista dei progetti di BOINC.

p.s.
Il report deadline delle wu di QMC@home nella tua screenshot è il 13/12/1901... che bel fuso orario!

[Effelle]

Ho appena cominciato con Tanpaku: ho scaricato una WU piccola piccola, ma che pare richiedere circa 9 ore.
Qualcun altro collabora con questo progetto?

[Tommy81]

E' strano che ti crea sto problema con Tanpaku, anche secondo me ti conviene provare con un altro browser tipo mozilla, almeno vedi se ti si apre il sito e puoi postargli qualcosa nel forum. Per le proteine oltre al classico Rosetta, c'è Proteins@Home ma non manda WUs da un casino di tempo. Da poco ha aperto anche POEM http://boinc.fzk.de/poem/. Si tratta di un progetto universitario tedesco, utilizza un nuovo approccio (ipotesi termodinamica, ideata dal premio Nobel Anfisen) per risolvere il problema del folding proteico e della loro relazione struttura/funzionalità.

[7D9]

Originariamente inviato da Effelle

Ho appena cominciato con Tanpaku: ho scaricato una WU piccola piccola, ma che pare richiedere circa 9 ore.
Qualcun altro collabora con questo progetto?

Avevo fatto qualche credito più di un anno fa, ma poi avevo smesso perchè avevo notato che quando una wu già iniziata veniva semplicemente sospesa da boinc per far iniziare un altro progetto a cui ero attaccato, poi quando la faceva riprendere ripartiva da zero. Una cosa improponibile!
Adesso non so come stiano le cose, non elaboro più qui. (e poi il team neanche c'è qui )

[Effelle]

Originariamente inviato da 7D9

Avevo fatto qualche credito più di un anno fa, ma poi avevo smesso perchè avevo notato che quando una wu già iniziata veniva semplicemente sospesa da boinc per far iniziare un altro progetto a cui ero attaccato, poi quando la faceva riprendere ripartiva da zero. Una cosa improponibile!
Adesso non so come stiano le cose, non elaboro più qui. (e poi il team neanche c'è qui )

Queste mie saranno le "UPF" (ultime parole famose ), però finora la wu di Tanpaku non è ripartita da zero (forse qualcosa è cambiato). Spero che continui così.
Non sono un medico, ma devo dire che POEM@HOME mi "intriga" per diverse ragioni.

[7D9]

Originariamente inviato da Effelle

Non sono un medico, ma devo dire che POEM@HOME mi "intriga" per diverse ragioni.

Io invece comincio a non saper più dove sbattere la testa. Sti progetti sul folding delle proteine escono come funghi. Si rischia quasi di ottenere l'effetto negativo di disperdere la potenza di calcolo invece di concentrarla in un solo progetto per il folding.

Poi per carità.. magari tutti sti progetti hanno la necessità di nascere perchè uno è più "performante" di un altro, utilizza simulazioni più precise, ecc... Però ci vorrebbe qualche esperto (a livello globale intendo) che valutasse queste cose e facesse un rapporto unico in cui si evidenziano le differenze tra progetti ed eventualmente quello ritenuto più valido.

Perchè sennò chi mi dice che magari i risultati ottenuti da mille ore di elaborazione su Rosetta non si potevano ottenere semplicemente da un'ora di elaborazione su Tampaku? Perchè per esempio proprio tampaku sul suo sito scrive questo: "This BD method enables us to simulate long time with less computational time compared with conventional simulation methods."

Boh...

[Effelle]

Originariamente inviato da 7D9

Io invece comincio a non saper più dove sbattere la testa. Sti progetti sul folding delle proteine escono come funghi. Si rischia quasi di ottenere l'effetto negativo di disperdere la potenza di calcolo invece di concentrarla in un solo progetto per il folding.

Poi per carità.. magari tutti sti progetti hanno la necessità di nascere perchè uno è più "performante" di un altro, utilizza simulazioni più precise, ecc... Però ci vorrebbe qualche esperto (a livello globale intendo) che valutasse queste cose e facesse un rapporto unico in cui si evidenziano le differenze tra progetti ed eventualmente quello ritenuto più valido.

Perchè sennò chi mi dice che magari i risultati ottenuti da mille ore di elaborazione su Rosetta non si potevano ottenere semplicemente da un'ora di elaborazione su Tampaku? Perchè per esempio proprio tampaku sul suo sito scrive questo: "This BD method enables us to simulate long time with less computational time compared with conventional simulation methods."

Boh...

Già.
Ma si consideri che "quelli" di Tanpaku sono giappi...
In ogni caso, per quanto ho potuto capire, progetti come Tanpaku e Rosetta si differenziano negli algoritmi di calcolo, POEM@HOME serve per indagare in un altro ambito di ricerca.

[7D9]

Appena finito di dire che vorrei qualche informazione in più, vado su POEM e trovo sto post:

Hi,

many thanks, for the good wishes and also for joining. We are still preparing the "science" pages, which I hope will answer your questions thoroughly.

As a quick first answer: Protein simulation is presently dominated by two approaches.

1) You learn/copy from nature (ROSETTA@HOME is a good example). Given a new sequence, one tries to copy structural fragments of known proteins and assembles them to good structures. Pros: Works for big proteins, gives excellent structures for high sequence similarity. Cons: Does not work, when there is no sequence similarity (new folds), does not work when there is no experimental data (transmembrane proteins, to which 40% of all known drugs bind), no kinetics

2) You simulate the folding process as it occurs in nature (Folding@Home) with a biophysical model. This is done with molecular dynamics (MD), an essentially sequential method with a time resolution of 10E-15 s/step. For a folding process in millisecond range you need A LOT of steps. Pros: full dynamics info, folding times, high accuracy structures, Cons: works only for small proteins, specific questions

POEM tries to interpolate between these two worlds. It uses an atomistic model for the protein free energy, i.e. is can work for new folds and applications in nanobiotechnology, where there is no experimental data. In contrast to MD, it exploits Anfinsons thermodynamic hypothesis (Nobel Prize in Chemistry 1972) that proteins in their biologically active state have a minimal free energy. The simulation process is thus replaced by an optimization process that is thousands of times faster than MD. Pros: Can do at least medium size proteins, gets the folding landscape, works for "new folds", Cons: still limited to proteins < 100 amino acids, no real kinetics (yet).

With POEM@HOME we will try to make progress on these two cons. Specifically we hope to make progress for


* "new fold" proteins with low sequence similarity to existing proteins
* proteins in nonphysiological environments (we just got a grant to develop implants, which are more biocompatible)
* understanding the folding process of more complex proteins that cannot be studied with direct kinetic simulation
* protein-protein interactions, where the partners change their conformation upon docking (biological signal process)
* refinement of model structures for transmembrane proteins


I hope this helps, more later!
Cheers
Wolfgang

Dice che Rosetta è valida solo per proteina grandi e già conosciute mentre Folding va bene solo per piccole proteine.
Inoltre dice che il loro programma simula migliaia di volte più velocemente di quello di folding.

Io riporto solo quanto ho trovato, ma per valutare bene le cose ci vorrebbe veramente un esperto.
Anche perchè all'appello mancano ancora proteins, predictor, human protein folding e tampaku. Ce ne sono altri?

[gabi.2437]

Come tutte le cose, solo i risultati diranno come stanno le cose...quindi ELABORIAMO

[7D9]

Originariamente inviato da gabi.2437

Come tutte le cose, solo i risultati diranno come stanno le cose...quindi ELABORIAMO

Più che elaborare sarebbe meglio diffondere il calcolo distribuito in modo che ci sia una partecipazione più diffusa.
Siamo in 4 gatti ad elaborare e ci dobbiamo dividere tra dieci progetti medici.
Se poi 3 dei suddetti gatti sono "scuri" e stanno ad ascoltare il cielo in cerca di omini verdi capisci che è meglio attirare più utenti che non frustare inutilmente a più non posso il proprio portatile.

[Effelle]

Originariamente inviato da 7D9

Più che elaborare sarebbe meglio diffondere il calcolo distribuito in modo che ci sia una partecipazione più diffusa.
Siamo in 4 gatti ad elaborare e ci dobbiamo dividere tra dieci progetti medici.
Se poi 3 dei suddetti gatti sono "scuri" e stanno ad ascoltare il cielo in cerca di omini verdi capisci che è meglio attirare più utenti che non frustare inutilmente a più non posso il proprio portatile.

Sono entrato da poco in Boinc.Italy e ho precise idee ed esigenze, se volete, ma il gruppo ha attirato il mio interesse non solo per il suo carattere territoriale, ma anche perché mi è parso interessante che in esso convivessero in forma paritaria differenti tagli tematici.
Ebbene, non nutro interesse per progetti di ricerca quali Seti@home e Einstein@home, però non posso pensare di porre questi ultimi ambiti di ricerca a un grado gerarchico inferiore.
Semmai, penso, sarebbe utile la creazione di sottogruppi, dedicati ciascuno a un settore particolare - e mi riferisco a quelli contenuti nel thread in rilievo di GHz.