[SIMAP] Topic ufficiale - Pagina 19

wubby · 02-05-2007, 06:33

New workunits:
The calculation of similarities and features of the approx. 350.000 new sequences, that were imported from the databases PDB, Uniprot and RefSeq-genomes during april, and of 10.000 new domains from the new InterPro version 15.0, will start on may 1st (due to a technical problem not on april 30th as announced before).

wubby · 31-05-2007, 19:22

New workunits:
The calculation of similarities and features of the (only) approx. 33.000 new sequences, that were imported from the databases PDB and Uniprot during may will start on may 31st.

Il mio è gia al lavoro...

at1839 · 31-05-2007, 20:38

Beh ... ma sono già finite le WU

ora io non vorrei fare paragoni poco ortodossi ma insomma

Paolo, at1839

Quote:

Originariamente inviato da wubby

New workunits:
The calculation of similarities and features of the (only) approx. 33.000 new sequences, that were imported from the databases PDB and Uniprot during may will start on may 31st.

Il mio è gia al lavoro...

IllidanRulez · 30-06-2007, 12:45

Quote:

Calculation of SIMAP updates is starting soon.
The calculation of new simap workunits containing the novel proteins from june 2007 (simap app) and their domains (hmmer app) will start in the evening of june 30th.

Nuove WU pronte da stasera

at1839 · 02-07-2007, 09:42

Pronte, e già finite ...

Non è leale distribuirle nel fine settimana quando i computer sono spenti

Paolo, at1839

Quote:

Originariamente inviato da IllidanRulez

Nuove WU pronte da stasera

wubby · 02-08-2007, 06:00

New workunits:
The calculation of similarities and features of the approx. 200.000 new sequences, that were imported from the databases PDB, Uniprot and Genbank in july, will start in the evening of july 31st.

wubby · 01-10-2007, 17:50

New workunits:
The calculation of similarities and features of the approx. 85.000 new sequences, that were imported from the databases PDB, RefSeq and Uniprot in september, and the calculation of sequence similarities of several environmental sequencing projects, will start on october 1st in the evening (UTC).
To distribute the workunits more homogeneously, we will test a shorter report deadline of 5 days in combination with a static quota of 100 workunits per cpu and per day.

cammor · 15-10-2007, 15:11

Ciao a tutti, sono un nuovo iscritto a BOINC.Italy forum e solo da una quindicina di giorni partecipante a progetti di calcolo distribuito.
Ho speso un po di tempo per "capire" come funziona il tutto, dai progetti alle classifiche alle personalizzazioni etc. etc...
Sicuramente nel forum potrebbe già esserci la risposta al mio quesito, ma essondo migliaia i messaggi non mi sembra il caso spendere più di tanto tempo per una cosa tutto sommato con importanza irrilevante dal punto di vista risultato.
Come potete vedere dall'immagine che segue non compare BOINCSIMAP, nonostante abbia già elaborato dei dati e ricevuto dei crediti.
Come mai? non è inserita nel "circuito" o c'è qualce impostazione che mi manca?

Non sbattetevi più di tanto per rispondere

Saluti,
Cammor

Fra_cool · 15-10-2007, 16:05

Quote:

Originariamente inviato da cammor

...non compare BOINCSIMAP...Come mai?

Probabilmente perché essendo "Nuovo" non hai ancora elaborato Wu's di SIMAP e perciò non ti appare nelle stat's.
Attendi di sgranocchiare qualcosa e vedrai il progetto apparire nelle stat! (ciò vale per qualsiasi progetto, non solo simap!)

Se invece hai già elaborato qualcosa, allora assicurati di aver utilizzato la stessa mail e username per registrarti a tutti i progetti.

Se nemmeno questo è il motivo, aspetta altre risposte (e magari apri una discussione apposita per non andare troppo OT

)

Ciao, Frà!

Il Capitano · 15-10-2007, 19:00

Io simap lo vedo nell'immgine

cammor · 16-10-2007, 08:10

Non avrei dovuto mettere l'immagine come link......

In effetti ora si vede simap.
Evidentemente la stat è aggiornata con tempi differenti e simap arriva con notevole ritardo....
Scusate il qusquibis

IllidanRulez · 16-10-2007, 09:42

Quote:

Originariamente inviato da cammor

Non avrei dovuto mettere l'immagine come link......

In effetti ora si vede simap.
Evidentemente la stat è aggiornata con tempi differenti e simap arriva con notevole ritardo....
Scusate il qusquibis

devi aspettare che il progetto ti dia i crediti per le WU elaborate (praticamente devono elaborarle anche altri) e poi che boincstats faccia l'aggiornamento, non è proprio real-time

baronz · 17-10-2007, 09:31

mi sono unito oggi, ho deciso di abbandonare i progetti americani per aiutare qualche ricerca europea

r3venge · 17-10-2007, 17:19

Quote:

Originariamente inviato da baronz

mi sono unito oggi, ho deciso di abbandonare i progetti americani per aiutare qualche ricerca europea

beh, benvenuto nel team

wubby · 01-11-2007, 07:24

New workunits:

The calculation of similarities and features of the approx. 80.000 new sequences, that were imported from the databases PDB, RefSeq and Uniprot in october, and the calculation of more sequence similarities of several environmental sequencing projects, will start on november 1st in the evening (UTC).

7D9 · 11-11-2007, 18:02

Ho tradotto la descrizione del progetto che c'è sul sito di SIMAP.
Spero che possa essere utile per chi vorrà aprire il thread ufficiale sul nuovo portale (magari poi se ho tempo lo faccio io...).
Intanto vi riporto la traduzione così se volete contribuire trovando errori e imprecisioni potete farlo.

"Cos’è SIMAP?
SIMAP è un database di somiglianze tra proteine e di domini proteici. Contiene quasi tutte le sequenze proteiche ad oggi pubblicate ed è continuamente aggiornato. La somiglianza tra proteine è calcolata usando l’algoritmo FASTA che fornisce un’ottima velocità e sensibilità. I domini proteici sono calcolati usando i metodi e le banche dati InterPro. SIMAP è a nostro sapere l’unico progetto che combina la vasta conoscenza di tutte le proteine conosciute e la capacità di aggiornarle progressivamente.

Per cosa è usato SIMAP?
A causa dell’enorme numero di sequenze proteiche conosciute nelle banche dati pubbliche risulta chiaro che molte di queste non verranno studiate sperimentalmente nel prossimo futuro. Tuttavia, le proteine che si sono evolute da un comune antenato spesso presentano la stessa funzione (le cosiddette ortologhe). Così è possibile intuire la funzione di una proteina non ancora studiata da una sua ortologa di cui si conosce la funzione. Un ben noto esempio è l’indagine sui geni e le proteine del topo. In molti casi i risultati sono validi anche per i geni e le proteine umane. Le somiglianze tra proteine ci danno informazioni sulle relazioni tra le proteine e sono necessarie per la predizione degli ortologhi.
I domini delle proteine (spesso chiamati domini funzionali) sono i mattoni strutturali delle proteine. Sono responsabili dell’attività di certe proteine, come per esempio legare piccole molecole, catalizzare le reazioni o legare altre proteine per creare complessi più grandi. La conoscenza dei domini proteici è tenuta in enormi depositi come l’InterPro databases. La predizione dei domini nelle nuove proteine sequenziate è basata su questi database e fornisce un automatica annotazione funzionale di queste proteine. Quindi calcoliamo i domini proteici per tutte le proteine all’interno di SIMAP, così da fornire il più grande sistema al mondo di predizione della funzione delle proteine.
Esistono molti metodi bioinformatici a cui ci si può collegare per ciò che concerne la somiglianza proteica e i domini. Il nostro database di somiglianze tra proteine fornisce dati sulle somiglianze e domini già calcolati e rappresenta lo spazio delle proteina conosciute. Questo apre nuove prospettive rispetto al metodo comunemente utilizzato che consiste nel ricalcolare in maniera ripetitiva questo tipo di dati. SIMAP è regolarmente aggiornato. La matrice di somiglianze viene semplicemente estesa se si presentano nuove sequenze. L’utilizzo di SIMAP è completamento disponibile per scopi educativi e ricerche pubbliche.

Perché abbiamo bisogno del calcolo distribuito per SIMAP?
Il costo computazionale per calcolare i dati delle somiglianze dipende dal quadrato delle sequenze contenute. Quindi lo sforzo computazionale per tenere la matrice aggiornata cresce costantemente. La nostra risorsa interna che esegue calcoli per SIMAP da anni non è più sufficiente per tenere conto di tutte le nuove sequenze. E’ per questo che abbiamo implementato per la piattaforma BOINC il client di SIMAP che è basato sull’algoritmo FASTA per scoprire la somiglianze tra sequenze.
La situazione per i domini proteici è diversa ma di complessità simile. Il costo computazionale è proporzionale al numero di sequenze e al numero di tipi di domini. A causa della crescita dello spazio delle frequenze e dei continui aggiornamenti nei databases dei domini lo sforzo computazionale per tenere aggiornata la predizione dei domini cresce costantemente.

Quali sono le istituzioni dietro a SIMAP?
SIMAP è un progetto congiunto tra GSF National Research Center for Environment and Health, Neuherberg and Technical University Munich, Center of Life and Food Science Weihenstephan (entrambi in Germania). Per informazioni contattate Thomas Rattei (Department of Genome Oriented Bioinformatics, TU Munich)."

P.S. Spero che questo stimoli anche qualcun'altro a fare la sua piccola parte in qualche modo. Dai che pian piano collegando i tanti piccoli pezzi del puzzle tiriamo su un portale con i fiocchi.

GHz · 11-11-2007, 21:11

Quote:

Originariamente inviato da 7D9

Ho tradotto la descrizione del progetto che c'è sul sito di SIMAP.
Spero che possa essere utile per chi vorrà aprire il thread ufficiale sul nuovo portale (magari poi se ho tempo lo faccio io...).
Intanto vi riporto la traduzione così se volete contribuire trovando errori e imprecisioni potete farlo.

[...]

P.S. Spero che questo stimoli anche qualcun'altro a fare la sua piccola parte in qualche modo. Dai che pian piano collegando i tanti piccoli pezzi del puzzle tiriamo su un portale con i fiocchi.

Grande, 10 e lode per l'iniziativa!

Sarà molto utile per il portale

Spero che altri prendano esempio da questo

Ciao,
GHz

wubby · 11-11-2007, 21:39

Quote:

Originariamente inviato da 7D9

Ho tradotto la descrizione del progetto che c'è sul sito di SIMAP.

Bravo!!!

Effelle · 25-11-2007, 14:54

Vorrei farvi una domanda: le wu di SIMAP, dopo alcuni errori, hanno smesso di essere caricate sul mio PC.
Secondo voi ciò è dovuto soltanto a una serie di elementi di casualità, oppure invece SIMAP ha ritenuto una perdita di tempo affidare qualcosa al mio PC?

Effelle · 04-12-2007, 03:18

La domanda qui sopra non aveva forse bisogno di una risposta.
Era un po' stupidotta?

Vorrei sottoporvi in ogni caso una tabella (le WU definite pending sono frutto del tasto update premuto, per sbaglio).

Quote:

2465757 1174633 2 Dec 2007 20:35:58 UTC 4 Dec 2007 1:07:57 UTC Over Success Done 6,996.39 14.75 pending
2435265 1159821 2 Dec 2007 8:15:48 UTC 3 Dec 2007 20:43:17 UTC Over Success Done 7,153.80 15.08 19.15
2403468 1144658 1 Dec 2007 18:58:35 UTC 2 Dec 2007 13:20:38 UTC Over Success Done 7,207.47 16.50 17.01
2291032 1090276 30 Nov 2007 1:59:56 UTC 2 Dec 2007 2:30:10 UTC Over Success Done 6,941.15 15.89 17.05
2272988 1081458 29 Nov 2007 20:11:21 UTC 30 Nov 2007 23:49:58 UTC Over Success Done 7,081.93 16.21 pending
2240981 1065897 29 Nov 2007 9:49:44 UTC 29 Nov 2007 20:44:32 UTC Over Success Done 6,952.48 15.92 pending
2102937 998600 27 Nov 2007 14:13:58 UTC 28 Nov 2007 0:04:19 UTC Over Success Done 10,557.99 24.17 27.82

02-05-2007, 06:33	#361
wubby Senior Member Iscritto dal: Sep 2003 Città: San Mauro Torinese Messaggi: 5402	30 Aprile 2007 New workunits: The calculation of similarities and features of the approx. 350.000 new sequences, that were imported from the databases PDB, Uniprot and RefSeq-genomes during april, and of 10.000 new domains from the new InterPro version 15.0, will start on may 1st (due to a technical problem not on april 30th as announced before). __________________ Suonare come superamento, anche se per pochi attimi, della realtà costrittiva, come espressione, comunicazione, con modalità proprie, agli altri; http://www.magazzinifranti.it/

31-05-2007, 19:22	#362
wubby Senior Member Iscritto dal: Sep 2003 Città: San Mauro Torinese Messaggi: 5402	31 Maggio 2007 New workunits: The calculation of similarities and features of the (only) approx. 33.000 new sequences, that were imported from the databases PDB and Uniprot during may will start on may 31st. Il mio è gia al lavoro... __________________ Suonare come superamento, anche se per pochi attimi, della realtà costrittiva, come espressione, comunicazione, con modalità proprie, agli altri; http://www.magazzinifranti.it/

02-08-2007, 06:00	#366
wubby Senior Member Iscritto dal: Sep 2003 Città: San Mauro Torinese Messaggi: 5402	30 Luglio 2007 New workunits: The calculation of similarities and features of the approx. 200.000 new sequences, that were imported from the databases PDB, Uniprot and Genbank in july, will start in the evening of july 31st. __________________ Suonare come superamento, anche se per pochi attimi, della realtà costrittiva, come espressione, comunicazione, con modalità proprie, agli altri; http://www.magazzinifranti.it/

01-10-2007, 17:50	#367
wubby Senior Member Iscritto dal: Sep 2003 Città: San Mauro Torinese Messaggi: 5402	1 Ottobre 2007 New workunits: The calculation of similarities and features of the approx. 85.000 new sequences, that were imported from the databases PDB, RefSeq and Uniprot in september, and the calculation of sequence similarities of several environmental sequencing projects, will start on october 1st in the evening (UTC). To distribute the workunits more homogeneously, we will test a shorter report deadline of 5 days in combination with a static quota of 100 workunits per cpu and per day.

15-10-2007, 15:11	#368
cammor Junior Member Iscritto dal: Oct 2007 Città: Millesimo (SV) Messaggi: 9	Perchè non compare nella classifica? Ciao a tutti, sono un nuovo iscritto a BOINC.Italy forum e solo da una quindicina di giorni partecipante a progetti di calcolo distribuito. Ho speso un po di tempo per "capire" come funziona il tutto, dai progetti alle classifiche alle personalizzazioni etc. etc... Sicuramente nel forum potrebbe già esserci la risposta al mio quesito, ma essondo migliaia i messaggi non mi sembra il caso spendere più di tanto tempo per una cosa tutto sommato con importanza irrilevante dal punto di vista risultato. Come potete vedere dall'immagine che segue non compare BOINCSIMAP, nonostante abbia già elaborato dei dati e ricevuto dei crediti. Come mai? non è inserita nel "circuito" o c'è qualce impostazione che mi manca? Non sbattetevi più di tanto per rispondere Saluti, Cammor __________________ ^cammor^

15-10-2007, 19:00	#370
Il Capitano Senior Member Iscritto dal: May 2004 Città: Salentu: lu mare lu sole, lu vientu. Ora Firenze Messaggi: 4032	Io simap lo vedo nell'immgine __________________ Passa al LATO OSCURO, OT sin dal 1859 e l'unico account capace di tornare indietro coi crediti. Quattro, anzi no cinque volte

16-10-2007, 08:10	#371
cammor Junior Member Iscritto dal: Oct 2007 Città: Millesimo (SV) Messaggi: 9	me misero tapino Non avrei dovuto mettere l'immagine come link...... In effetti ora si vede simap. Evidentemente la stat è aggiornata con tempi differenti e simap arriva con notevole ritardo.... Scusate il qusquibis __________________ ^cammor^

17-10-2007, 09:31	#373
baronz Senior Member Iscritto dal: Jun 2002 Città: Imola Messaggi: 411	mi sono unito oggi, ho deciso di abbandonare i progetti americani per aiutare qualche ricerca europea __________________ Undicesimo comandamento: non toccare il PC altrui...

01-11-2007, 07:24	#375
wubby Senior Member Iscritto dal: Sep 2003 Città: San Mauro Torinese Messaggi: 5402	31 Ottobre 2007 New workunits: The calculation of similarities and features of the approx. 80.000 new sequences, that were imported from the databases PDB, RefSeq and Uniprot in october, and the calculation of more sequence similarities of several environmental sequencing projects, will start on november 1st in the evening (UTC). __________________ Suonare come superamento, anche se per pochi attimi, della realtà costrittiva, come espressione, comunicazione, con modalità proprie, agli altri; http://www.magazzinifranti.it/

11-11-2007, 18:02	#376
7D9 Senior Member Iscritto dal: Dec 2006 Messaggi: 460	traduzione descrizione progetto Ho tradotto la descrizione del progetto che c'è sul sito di SIMAP. Spero che possa essere utile per chi vorrà aprire il thread ufficiale sul nuovo portale (magari poi se ho tempo lo faccio io...). Intanto vi riporto la traduzione così se volete contribuire trovando errori e imprecisioni potete farlo. "Cos’è SIMAP? SIMAP è un database di somiglianze tra proteine e di domini proteici. Contiene quasi tutte le sequenze proteiche ad oggi pubblicate ed è continuamente aggiornato. La somiglianza tra proteine è calcolata usando l’algoritmo FASTA che fornisce un’ottima velocità e sensibilità. I domini proteici sono calcolati usando i metodi e le banche dati InterPro. SIMAP è a nostro sapere l’unico progetto che combina la vasta conoscenza di tutte le proteine conosciute e la capacità di aggiornarle progressivamente. Per cosa è usato SIMAP? A causa dell’enorme numero di sequenze proteiche conosciute nelle banche dati pubbliche risulta chiaro che molte di queste non verranno studiate sperimentalmente nel prossimo futuro. Tuttavia, le proteine che si sono evolute da un comune antenato spesso presentano la stessa funzione (le cosiddette ortologhe). Così è possibile intuire la funzione di una proteina non ancora studiata da una sua ortologa di cui si conosce la funzione. Un ben noto esempio è l’indagine sui geni e le proteine del topo. In molti casi i risultati sono validi anche per i geni e le proteine umane. Le somiglianze tra proteine ci danno informazioni sulle relazioni tra le proteine e sono necessarie per la predizione degli ortologhi. I domini delle proteine (spesso chiamati domini funzionali) sono i mattoni strutturali delle proteine. Sono responsabili dell’attività di certe proteine, come per esempio legare piccole molecole, catalizzare le reazioni o legare altre proteine per creare complessi più grandi. La conoscenza dei domini proteici è tenuta in enormi depositi come l’InterPro databases. La predizione dei domini nelle nuove proteine sequenziate è basata su questi database e fornisce un automatica annotazione funzionale di queste proteine. Quindi calcoliamo i domini proteici per tutte le proteine all’interno di SIMAP, così da fornire il più grande sistema al mondo di predizione della funzione delle proteine. Esistono molti metodi bioinformatici a cui ci si può collegare per ciò che concerne la somiglianza proteica e i domini. Il nostro database di somiglianze tra proteine fornisce dati sulle somiglianze e domini già calcolati e rappresenta lo spazio delle proteina conosciute. Questo apre nuove prospettive rispetto al metodo comunemente utilizzato che consiste nel ricalcolare in maniera ripetitiva questo tipo di dati. SIMAP è regolarmente aggiornato. La matrice di somiglianze viene semplicemente estesa se si presentano nuove sequenze. L’utilizzo di SIMAP è completamento disponibile per scopi educativi e ricerche pubbliche. Perché abbiamo bisogno del calcolo distribuito per SIMAP? Il costo computazionale per calcolare i dati delle somiglianze dipende dal quadrato delle sequenze contenute. Quindi lo sforzo computazionale per tenere la matrice aggiornata cresce costantemente. La nostra risorsa interna che esegue calcoli per SIMAP da anni non è più sufficiente per tenere conto di tutte le nuove sequenze. E’ per questo che abbiamo implementato per la piattaforma BOINC il client di SIMAP che è basato sull’algoritmo FASTA per scoprire la somiglianze tra sequenze. La situazione per i domini proteici è diversa ma di complessità simile. Il costo computazionale è proporzionale al numero di sequenze e al numero di tipi di domini. A causa della crescita dello spazio delle frequenze e dei continui aggiornamenti nei databases dei domini lo sforzo computazionale per tenere aggiornata la predizione dei domini cresce costantemente. Quali sono le istituzioni dietro a SIMAP? SIMAP è un progetto congiunto tra GSF National Research Center for Environment and Health, Neuherberg and Technical University Munich, Center of Life and Food Science Weihenstephan (entrambi in Germania). Per informazioni contattate Thomas Rattei (Department of Genome Oriented Bioinformatics, TU Munich)." P.S. Spero che questo stimoli anche qualcun'altro a fare la sua piccola parte in qualche modo. Dai che pian piano collegando i tanti piccoli pezzi del puzzle tiriamo su un portale con i fiocchi. Ultima modifica di 7D9 : 11-11-2007 alle 18:05.

25-11-2007, 14:54	#379
Effelle Member Iscritto dal: Nov 2007 Città: Firenze Messaggi: 112	Vorrei farvi una domanda: le wu di SIMAP, dopo alcuni errori, hanno smesso di essere caricate sul mio PC. Secondo voi ciò è dovuto soltanto a una serie di elementi di casualità, oppure invece SIMAP ha ritenuto una perdita di tempo affidare qualcosa al mio PC? __________________ Francesco - AMD Athlon(tm) 64 3000+, 2 GB RAM, NVidia 5600XP 128 MB RAM, vari HD (SATA e EIDE), Linux Ubuntu 64 bit 7.10 "Gutsy". http://it.boincstats.com/search/all_...d65e33f59e059b

Strumenti
Mostra una versione stampabile Invia questa pagina per email