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20-09-2006, 17:17 | #1 |
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[Rosetta] Topic ufficiale
BOINC.ITALY - TOPIC UFFICIALE PROGETTO ROSETTA@HOME (clicca QUA per la lista completa dei progetti seguiti da team) Ambito: Ricerca Medica Home page del progetto Informazioni generali sul progetto Introduzione: (da Wikipedia) Rosetta@home è un progetto di Calcolo distribuito per predire e architettare le strutture delle proteine. La sua sede è ai "Baker Laboratory" all'Università di Washington, e uno dei capi di questo progetto è David Baker (Professore di biochimica all'Università di Washington. Il progetto gira sulla piattaforma Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC). Scopo del progetto: (da Wikipedia) Lo scopo del progetto è quello di apprendere informazioni importanti sulle proteine per combattere malattie come HIV, Malaria, Cancro e il Morbo di Alzheimer. Altre informazioni ed approfondimenti: (dal sito ufficiale e in inglese)
Informazioni tecniche Stato del progetto e delle iscrizioni: Progetto attivo Iscrisioni aperte Requisiti minimi a livello hardware: Per partecipare al progetto è consigliato almeno un 500MHz (o equivalente), 256MB di memoria RAM (per ogni WU in elaborazione) e 200MB di spazio su disco fisso. Maggiori dettagli QUI. Screensaver: Lo screensaver mostra in tempo reale i dati della proteina, lo stato dell'avanzamento dell'elaborazione e tutte le varie informazioni tecniche. Disponibilità di Work Unit: Ottima Il lavoro è sempre disponibile. Raramente si possono verificare problemi o down in cui per brevi periodi non è possibile ottenere nuove work units. Una cache settata a 2 o 3 giorni assicura piena efficienza a un pc moderno che lavora 24h/7g. Seguire sempre questo thread per conoscere in anticipo eventuali down programmati e non rimanere senza lavoro. Down programmati: Nessuno Al momento non sono in programma down settimanali programmati. Potete controllare la situazione del progetto sulla home page tra le news e lo stato dei server QUI. Applicazioni disponibili: v5.64 per Windown/x86 (stabile) - rosetta_5.64_windows_intelx86.exe v5.64 per Windows/x86_64 (stabile - rosetta_5.64_windows_x86_64.exe v5.64 per Linux/x86 (stabile ma sono stati riscontrati frequenti errori di elaborazione durante l'utilizzo) - rosetta_5.64_i686-pc-linux-gnu v5.64 per Linux/x86_64 (stabile) - rosetta_5.64_x86_64-pc-linux-gnu v5.64 per Mac OS X (stabile) - rosetta_5.64_powerpc-apple-darwin v5.64 per Mac OX X/Intel (stabile) - rosetta_5.64_i686-apple-darwin Work units disponibili: (nome: taglia_download, taglia_upload, deadline, occupazione RAM) xxxKB - xxxB - 10 giorni - dai 100MB ai 200MB circa; N.B:
Tempi di elaborazione: La caratteristica di rosetta è che l'utente può scegliere il tempo di elaborazione delle WU dal pannello delle preferenze specifiche del progetto (Target CPU run time ). Di default è 3 ore, ma può essere modificata fino a 24 ore. Una via di mezzo accettabile potrebbe essere 6 o 8 ore. Effettuate i cambiamenti gradualmente, in modo da non avere problemi di deadline con le wu già scaricate. Assegnazione crediti: I crediti assegnati per le WU di Rosetta variano in base alla quantità di modelli elaborati. Più un PC è veloce, più modelli elaborerà nel tempo impostato per ogni WU e più crediti riceverà. Il quorum è settato a una sola WU con replicazione iniziale 1. Applicazioni ottimizzate: Nessuna Al momento non è previsto lo sviluppo di applicazioni ottimizzate ufficiali e i sorgenti dell'applicazione non sono ancora stati resi disponibili. Problemi e domande comuni:
Link utili: URL per l'Attach a Rosetta@home: http://boinc.bakerlab.org/rosetta (da copiare e incollare nel Boinc Manager) Link per effettuare il Join a BOINC.Italy su Rosetta@home Classifica interna del team BOINC.Italy su Rosetta@home Statistiche per Rosetta@home di BOINC.Italy su BOINCstats Referente/i per Rosetta@home: - Per qualsiasi problema riguardante questo progetto di calcolo distribuito, fare riferimento a questo thread ufficiale. Non c'è un referente ufficiale per questo progetto, se qualcuno è interessato a prendere l'incarico e vuole dare una mano diventando referente, può postarlo in questo thread o contattare GHz in PVT.
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Ho concluso trattative con: Andrea1977, Leland Gaunt, MM46 Ultima modifica di GHz : 12-05-2007 alle 15:08. |
20-09-2006, 17:42 | #2 |
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Quello è semplicemente l'elenco di tutti coloro che hanno trovato la struttura della proteina con il minimo di energia (meno energia ha una proteina-->più è probabile che assuma quella forma, quindi una forma che richiede pochissima energia ha alte probabilità di apparire nella realtà rispetto a una che ne richiede di più ed è importante conoscerla)
Ogni utente elabora la sua WU con la proteina e gli fa assumere varie forme e ne calcola l'energia, evidentemente le forme per proteina sono tante e sono divise in varie WU, a chi capita la WU con la forma a minor energia di quella proteina...viene pubblicato lì |
20-09-2006, 17:46 | #3 |
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ok, su questo c'ero, ma il punto è che questa volta è diverso, non c'è solo la predizione come al solito, ma hanno fatto un discorso più lungo e ci sono i nomi degli 8 fortunati che hanno beccato la giusta proteina.
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20-09-2006, 21:32 | #4 | ||
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21-09-2006, 09:49 | #5 | |||
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21-09-2006, 10:32 | #6 |
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da assiduo scaccolatore di Rosetta nel team Boinc.Italy mi iscrivo alla discussione! Purtroppo stanotte parto e per 10 gg si interromperà lo scaccolamento, ma prometto faville computazionali per il mio ritorno!!
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25-09-2006, 12:10 | #7 | |
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25-09-2006, 15:41 | #8 |
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eh, appartiene già al Rosetta Team Terni - Italy...
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25-09-2006, 16:29 | #9 | |
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Penso che in compagnia si troverà meglio Ho visto che hanno pubblicato anche i risultati e gli scaccolatori che hanno elaborato la WU migliore per CASP7 target T0363 domain 1!
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25-09-2006, 16:42 | #10 |
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Iscritto dal: Sep 2006
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Rosetta@Home è un bel progetto, molto seguito dallo staff, con aggiornamenti e news frequenti, cose interessanti come le "top predictions" e altro, già per tutto questo, merita
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25-09-2006, 20:03 | #11 |
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appunto ghz, era quello che mi aveva insospettito e mi aveva spinto ad aprire il topic, non è la solita predizione del giorno, ma qualcosa di più grosso e importante!
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29-09-2006, 09:04 | #12 |
Member
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Mi sono appena iscritto la progetto Rosetta.
Speriamo di dare una mano alla ricerca. bye bye Edito per chiedere una cosetta: Il pc ha finito di calcolare i primi 2 pacchetti che il client ha ricevuto, ha fatto l'aupload e ora lo status di quei pacchetti recita ready to report. Cosa devo fare?? Grazie Mi rispondo da solo.. non avevo letto uno dei tread in rilievo.. scusatemi Ultima modifica di MrxY : 29-09-2006 alle 12:45. Motivo: aggiunta |
29-09-2006, 20:59 | #13 |
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Ho riscoperto Rosetta da un mese a questa parte, e dato il Rac impressionate della Flotta Stellare, direi di non essere l'unico nel mini-team!
E' bello inoltre vedere quante posizioni abbiamo fatto guadagnere a Boinc.Italy da quando abbiamo iniziato a scaccolare pesantemente sul progetto. E' senza dubbio un più "nobile" progetto rispetto al fratellone spaziale, senza nulla togliere a Seti naturalmente, ma sicuramente con risultati a più breve termine. Peccato solo che i media non diano mai spazio informativo alla piattaforma Boinc e i progetti sostenuti, con un pò più di pubblicità sono sicuro ci sarebbero molti più utenti in questa sezione del forum...
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29-09-2006, 21:16 | #14 | |
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Iscritto dal: Sep 2006
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Quote:
BOINC è fatto apposta per far tutto in automatico, anzi, è meglio che non tocchi nulla e lasciargli fare ciò che le impostazioni che hai messo gli dicono di fare, magari hai messo di collegarsi solo ogni tot giorni o altro, quindi i 2 pacchetti sono finiti e ready to report ma non li ha ancora inviati |
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30-09-2006, 14:07 | #15 |
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a causa della scomparsa del funghetto eravamo calati parecchio, ma la botta di rac da 2500 e oltre hanno contribuito a risalire. Tornasse anche lui...
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30-09-2006, 19:32 | #16 | |
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01-10-2006, 08:54 | #17 |
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Anche io sto scaccolando con Rosetta e con questo mi iscrivo alla discussione
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02-10-2006, 03:59 | #18 |
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Ciao ragazzi siccome appoggio in pieno la CAUSA per il quale questo prgetto è nato, voglio dare il mio contributo.........
C'è solo un problema, non mi si connette. Quando mi fà scegliere il progetto io gli inserisco il link a rosetta ma m dice network comunication failure ( dice anche che può essere dovuto al firewall o alla mia connessione o che uso un proxy server per connettermi e che non ho inesrito il suo indirizzo. Ho disattivato tutto firewall antivirus, ma niente non si connette. he mi conisigliate di fare? Grazie a tutti
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CPU:Q6600 Step G0 @470x8(3760mhz) Vc:1.432 - MOBO:ASUS P5Q-Deluxe -RAM: 2x2gb GSkill Pi Black DDR2 1066mhz @ 1128Mhz 5-5-5-15-6-48-8-11-11-3-8-5-6-4171-2T - HDD: 2xRaptor 75gb Raid 0 - VGA:MSI HD3870 OC Version 512MB DDR4 @ 800/1131mhz cooled by Zalman VF700-Cu - ALI:Tagan PipeRock Bz700w - RAFFREDDAMENTO : Laing DCC 500 12V, Radiatore Aircube X2 240, Ybris One Evo. - OS: Windows Vista Ultimate 64 bit. Il tutto su un banchetto autocostruito |
02-10-2006, 10:28 | #19 |
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Città: Salentu: lu mare lu sole, lu vientu. Ora Firenze
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Io invece non c'entro niente, ma ci voglio stare lo stesso . E poi non e' detto che in un lontano giorno di pioggia non giri un pc su rosetta. Intanto faccio il tifo e guardo dalla finestra
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Passa al LATO OSCURO, OT sin dal 1859 e l'unico account capace di tornare indietro coi crediti. Quattro, anzi no cinque volte |
02-10-2006, 13:21 | #20 |
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nessuno mi può aiutare.....? please
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