[SIMAP] Topic ufficiale - Pagina 5

BestBazar · 16-08-2006, 02:18

Eccomi anche qui con i cricetini poco potenti

djtux · 20-08-2006, 10:41

Ma quando questo enorme database verrà completato potrà essere consultato da chiunque?
Ogni ente di ricerca sulle proteine e dintorni non ha già un suo database?
Attualmente non esiste nessun database "internazionale/globale" di tutte le proteine conosciute?
Il database di SIMAP sarà migliore di quelli attuali?
Certo che boincsimap è mooolto lento ad assegnare i crediti... troppo.

wubby · 30-08-2006, 22:33

Lower initial replication and quorum: With the release of the SIMAP applications 5.10 and 5.11 the error results have been drastically reduced.
We are very happy about this and would like to thank all participants for the recently increased power of our project (more than 5 TLOPS now!).
It is now safe for the scientific parts of BOINCSIMAP to switch back to a minimal quorum of 2 and an initial replication of 2 as we used when BOINCSIMAP started.
Recently we have decreased the initial replication to 3.
To address the inhomogeneously claimed credits we will switch to fixed credits per workunit that will be determined by the number of sequences in the workunit and the number of hits in the result.
We will test this system first with the second application hmmer which is about to start and then apply this to the simap app too (and decrease the quorum to 2).
Please use our message boards to discuss the fixed credits per WU.
We are interested in your opinion about this.

djtux · 01-09-2006, 18:58

Le wu per i sistemi a 64 bit si ottengono lo stesso se si ha per esempio una slackware (i486) su un processore athlon64?

wubby · 01-09-2006, 19:16

Il sistema operativo deve essere 64 bit...

io i test per 64 (qualche pagina indietro) li ho fatti su debian amd64.

su debian 32 (da dove scrivo) scaccolo con client e WU normali.

Matrixbob · 01-09-2006, 22:24

Ho appena fatto il join ora.
Venice 3000+, devo modificare qualcosa o lascio quello che manager si è scaricato come client?!

wubby · 01-09-2006, 22:37

Quote:

Originariamente inviato da Matrixbob

Ho appena fatto il join ora.

Quote:

Venice 3000+, devo modificare qualcosa o lascio quello che manager si è scaricato come client?!

Lascia fare tutto al client...

wubby · 09-09-2006, 19:09

Hmmer application starting tomorrow: The similarity matrix of the SIMAP project is currently up-to-date.
Due to the power of BOINCSIMAP we could finish the calculations for all expansions and updates until now.
Even several old parts of SIMAP (calculated in the pre-BOINC time with an older FASTA containing some bugs) could be re-calculated to ensure data correctness.
Now we are about to launch a new part of the project which searches for domains within proteins.
Protein domain predictions are necessary to infer functional and structural properties of proteins and are therefore of highest importance for computational biology.
We plan to pre-calculate protein domains for all proteins in SIMAP and to keep this database up-to-date.
The new hmmer application performs the necessary calculations based on "Hidden Markov Models" (HMMs).
This application has been tested intensively during the last 6 months.
Recently we have tested it online in this BOINC project using test workunits.
All tests went fine, so we will start to distribute production workunits for hmmer tomorrow.
For questions please see our new project FAQ and the updated project description, both are linked from the project homepage.

wubby · 10-09-2006, 23:13

Hmmer production workunits starting:
This night we will switch to workunits for the hmmer application.
The hmmer 5.04 versions for Windows, Linux and MacOS were released.
The i386-app for PC based on old, non-SSE CPUs has been released for Linux.
The i386-app for Windows will follow until the end of this week.
UNIX versions will follow after the first week with hmmer.
Please note that we grant workunit specific credits for hmmer (see the project FAQ).
Future simap workunits will also get workunit specific credits and therefore have a quorum and initial replication of two (as for hmmer).
Please report problems that might occur in the message boards of our forum.

fradeve11 · 10-09-2006, 23:45

Ma che ha il simap di diverso da rosetta?

djtux · 11-09-2006, 07:53

Cerca su Wikipedia e avrai la risposta.

Per quanto riguarda la mia precedente domanda, si ottengono sempre e comunque wu a 32 bit anche su una distro a 32 bit ma con il kernel compilato su un amd64?

GiacoT · 11-09-2006, 07:59

Io ho joinato con nick tango ieri pomeriggio e ho iniziato la risalita

Marco71 · 11-09-2006, 16:03

...le mie poche risorse hardware or ora ho raggiunto il 4° posto per R.A.C all'interno del team Boinc.Italy.
Mi auto festeggio....
Grazie.

Marco71.

GiacoT · 11-09-2006, 16:33

Si ma guarda che ti riprendo

ConanSeldon · 11-09-2006, 17:00

Quote:

Originariamente inviato da Marco71

...le mie poche risorse hardware or ora ho raggiunto il 4° posto per R.A.C all'interno del team Boinc.Italy.
Mi auto festeggio....
Grazie.

Marco71.

COMPLIMENTI!
io son solo 21esimo

avete ricevuto anche voi le nuove wu hmmer 5.04?

wubby · 11-09-2006, 18:49

Si, ne ho ricevute un paio che hanno dato problemi...

Ora sembra che tutto vada per il meglio...

Marco71 · 11-09-2006, 19:13

Quote:

Originariamente inviato da GiacoT

Si ma guarda che ti riprendo

...è inevitabile ma più di così non posso fare.
Reclutare altre persone alla "causa" è difficilissimo...i motivi sono noti a tutti...
Grazie.

Marco71.

lucab76 · 11-09-2006, 20:13

Bene, bene!

Un po' di sana lotta al vertice non hai mai fatto male a nessuno... ma ha sempre giovato al RAC del gruppo!

Anch'io dovrò alzare il RAC su Simap altrimenti Wubby mi trapana...

E ciò NON deve accadere!

Ah, Wubby, le nuove hmmer non hanno dato problemi sui miei pc... forse qualche bug nella versione linux? Butta un occhio al forum!

A più tardi!
Luca B.

lucab76 · 11-09-2006, 20:19

Wubby, dai una letturina qua...

>>LINK<<
La mia ipotesi non è troppo azzardata... il client per linux qualche problema ce l'ha!!

wubby · 12-09-2006, 12:00

Quote:

Originariamente inviato da lucab76

Anch'io dovrò alzare il RAC su Simap altrimenti Wubby mi trapana...

Quote:

Ah, Wubby, le nuove hmmer non hanno dato problemi sui miei pc... forse qualche bug nella versione linux? Butta un occhio al forum!

Qualche problemino...

20-08-2006, 10:41	#82
djtux Senior Member Iscritto dal: Jun 2006 Messaggi: 633	Ma quando questo enorme database verrà completato potrà essere consultato da chiunque? Ogni ente di ricerca sulle proteine e dintorni non ha già un suo database? Attualmente non esiste nessun database "internazionale/globale" di tutte le proteine conosciute? Il database di SIMAP sarà migliore di quelli attuali? Certo che boincsimap è mooolto lento ad assegnare i crediti... troppo. __________________ È più facile spezzare un atomo che un pregiudizio - Albert Einstein

30-08-2006, 22:33	#83
wubby Senior Member Iscritto dal: Sep 2003 Città: San Mauro Torinese Messaggi: 5402	News: August 30, 2006 Lower initial replication and quorum: With the release of the SIMAP applications 5.10 and 5.11 the error results have been drastically reduced. We are very happy about this and would like to thank all participants for the recently increased power of our project (more than 5 TLOPS now!). It is now safe for the scientific parts of BOINCSIMAP to switch back to a minimal quorum of 2 and an initial replication of 2 as we used when BOINCSIMAP started. Recently we have decreased the initial replication to 3. To address the inhomogeneously claimed credits we will switch to fixed credits per workunit that will be determined by the number of sequences in the workunit and the number of hits in the result. We will test this system first with the second application hmmer which is about to start and then apply this to the simap app too (and decrease the quorum to 2). Please use our message boards to discuss the fixed credits per WU. We are interested in your opinion about this. __________________ Suonare come superamento, anche se per pochi attimi, della realtà costrittiva, come espressione, comunicazione, con modalità proprie, agli altri; http://www.magazzinifranti.it/

01-09-2006, 18:58	#84
djtux Senior Member Iscritto dal: Jun 2006 Messaggi: 633	Le wu per i sistemi a 64 bit si ottengono lo stesso se si ha per esempio una slackware (i486) su un processore athlon64? __________________ È più facile spezzare un atomo che un pregiudizio - Albert Einstein

01-09-2006, 19:16	#85
wubby Senior Member Iscritto dal: Sep 2003 Città: San Mauro Torinese Messaggi: 5402	Il sistema operativo deve essere 64 bit... io i test per 64 (qualche pagina indietro) li ho fatti su debian amd64. su debian 32 (da dove scrivo) scaccolo con client e WU normali. __________________ Suonare come superamento, anche se per pochi attimi, della realtà costrittiva, come espressione, comunicazione, con modalità proprie, agli altri; http://www.magazzinifranti.it/

01-09-2006, 22:24	#86
Matrixbob Senior Member Iscritto dal: Jul 2001 Messaggi: 9945	Ho appena fatto il join ora. Venice 3000+, devo modificare qualcosa o lascio quello che manager si è scaricato come client?! __________________ Aiuta la ricerca col tuo PC: >>Calcolo distribuito BOINC.Italy: unisciti anche tu<< Più largo è il sorriso, più affilato è il coltello.

16-08-2006, 02:18	#81
BestBazar Senior Member Iscritto dal: Jul 2006 Messaggi: 468	Eccomi anche qui con i cricetini poco potenti

09-09-2006, 19:09	#88
wubby Senior Member Iscritto dal: Sep 2003 Città: San Mauro Torinese Messaggi: 5402	September 9, 2006 Hmmer application starting tomorrow: The similarity matrix of the SIMAP project is currently up-to-date. Due to the power of BOINCSIMAP we could finish the calculations for all expansions and updates until now. Even several old parts of SIMAP (calculated in the pre-BOINC time with an older FASTA containing some bugs) could be re-calculated to ensure data correctness. Now we are about to launch a new part of the project which searches for domains within proteins. Protein domain predictions are necessary to infer functional and structural properties of proteins and are therefore of highest importance for computational biology. We plan to pre-calculate protein domains for all proteins in SIMAP and to keep this database up-to-date. The new hmmer application performs the necessary calculations based on "Hidden Markov Models" (HMMs). This application has been tested intensively during the last 6 months. Recently we have tested it online in this BOINC project using test workunits. All tests went fine, so we will start to distribute production workunits for hmmer tomorrow. For questions please see our new project FAQ and the updated project description, both are linked from the project homepage. __________________ Suonare come superamento, anche se per pochi attimi, della realtà costrittiva, come espressione, comunicazione, con modalità proprie, agli altri; http://www.magazzinifranti.it/

10-09-2006, 23:13	#89
wubby Senior Member Iscritto dal: Sep 2003 Città: San Mauro Torinese Messaggi: 5402	September 10, 2006 Hmmer production workunits starting: This night we will switch to workunits for the hmmer application. The hmmer 5.04 versions for Windows, Linux and MacOS were released. The i386-app for PC based on old, non-SSE CPUs has been released for Linux. The i386-app for Windows will follow until the end of this week. UNIX versions will follow after the first week with hmmer. Please note that we grant workunit specific credits for hmmer (see the project FAQ). Future simap workunits will also get workunit specific credits and therefore have a quorum and initial replication of two (as for hmmer). Please report problems that might occur in the message boards of our forum. __________________ Suonare come superamento, anche se per pochi attimi, della realtà costrittiva, come espressione, comunicazione, con modalità proprie, agli altri; http://www.magazzinifranti.it/

10-09-2006, 23:45	#90
fradeve11 Senior Member Iscritto dal: May 2004 Messaggi: 2422	Ma che ha il simap di diverso da rosetta? __________________ Team Seti Guardians - Seti Warrior X° Livello - Chiedimi di BOINC.Italy Membro dell'HWUpgrade JRR Tolkien ClanMembro dell' HWUpgrade Seti@Home Project Partecipa anche tu! Aiuta la scienza senza muovere un dito! TOLKIEN Online Italia - - www.webcomunity.org - - Linux User #439364 -- Ubuntu user #8741

11-09-2006, 07:53	#91
djtux Senior Member Iscritto dal: Jun 2006 Messaggi: 633	Cerca su Wikipedia e avrai la risposta. Per quanto riguarda la mia precedente domanda, si ottengono sempre e comunque wu a 32 bit anche su una distro a 32 bit ma con il kernel compilato su un amd64? __________________ È più facile spezzare un atomo che un pregiudizio - Albert Einstein

11-09-2006, 07:59	#92
GiacoT Senior Member Iscritto dal: Nov 2003 Città: Las*Pezia Messaggi: 354	Io ho joinato con nick tango ieri pomeriggio e ho iniziato la risalita __________________ tango per gli amici. Sono pienamente soddisfatto di aver trattato e concluso con: SHIVA>>LuR<< - 84Gibson - piottocentino - Furla - logan125842 - binosoma - lucaoli - darkhammer - tognesimo - s5otto - Kris.K - Damascato - bixxio - mauveron - jacksayan - darkmistery00 - Arus - Xerd - lollox - Gello - lorenzo.90 - f_talillo - theimperatorum - Jfrusciante - Luk388

11-09-2006, 16:03	#93
Marco71 Senior Member Iscritto dal: Nov 2003 Città: Provincia di Lucca Messaggi: 3431	Nonostante... ...le mie poche risorse hardware or ora ho raggiunto il 4° posto per R.A.C all'interno del team Boinc.Italy. Mi auto festeggio.... Grazie. Marco71.

11-09-2006, 16:33	#94
GiacoT Senior Member Iscritto dal: Nov 2003 Città: Las*Pezia Messaggi: 354	Si ma guarda che ti riprendo __________________ tango per gli amici. Sono pienamente soddisfatto di aver trattato e concluso con: SHIVA>>LuR<< - 84Gibson - piottocentino - Furla - logan125842 - binosoma - lucaoli - darkhammer - tognesimo - s5otto - Kris.K - Damascato - bixxio - mauveron - jacksayan - darkmistery00 - Arus - Xerd - lollox - Gello - lorenzo.90 - f_talillo - theimperatorum - Jfrusciante - Luk388

11-09-2006, 18:49	#96
wubby Senior Member Iscritto dal: Sep 2003 Città: San Mauro Torinese Messaggi: 5402	Si, ne ho ricevute un paio che hanno dato problemi... Ora sembra che tutto vada per il meglio... __________________ Suonare come superamento, anche se per pochi attimi, della realtà costrittiva, come espressione, comunicazione, con modalità proprie, agli altri; http://www.magazzinifranti.it/

11-09-2006, 20:13	#98
lucab76 Senior Member Iscritto dal: Jan 2006 Città: San Martino U. (PI) Messaggi: 1533	Bene, bene! Un po' di sana lotta al vertice non hai mai fatto male a nessuno... ma ha sempre giovato al RAC del gruppo! Anch'io dovrò alzare il RAC su Simap altrimenti Wubby mi trapana... E ciò NON deve accadere! Ah, Wubby, le nuove hmmer non hanno dato problemi sui miei pc... forse qualche bug nella versione linux? Butta un occhio al forum! A più tardi! Luca B. __________________ My PC: ThermalTake Armor VA8000BWS \| Asus P5Q-Deluxe \| Intel Core2Quad Q9550 \| Noctua NH-U12P Corsair XMS2 PC6400 8GB \| Ati X1950XT \| Western Digital Raptor 150GB & Seagate Barracuda 250GB Logitech G15 & G3 \| HP w2207h \| powered by Corsair HX620W - XBox 360 & PS3: LucaB76

11-09-2006, 20:19	#99
lucab76 Senior Member Iscritto dal: Jan 2006 Città: San Martino U. (PI) Messaggi: 1533	Wubby, dai una letturina qua... >>LINK<< La mia ipotesi non è troppo azzardata... il client per linux qualche problema ce l'ha!! __________________ My PC: ThermalTake Armor VA8000BWS \| Asus P5Q-Deluxe \| Intel Core2Quad Q9550 \| Noctua NH-U12P Corsair XMS2 PC6400 8GB \| Ati X1950XT \| Western Digital Raptor 150GB & Seagate Barracuda 250GB Logitech G15 & G3 \| HP w2207h \| powered by Corsair HX620W - XBox 360 & PS3: LucaB76

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