Folding@Home

[gabi.2437]

Beh nei giochi non è sfruttato, ma di certo non li fa andare male, quindi aver un quad sarebbe stato un extra...molto utile per il calcolo distribuito, si fanno un sacco di crediti

[Trokji]

Direi proprio di no.. i giochi che sfruttano il quad sono ancora molto pochi, mentre con il dual si ha il vantaggio che è più facile ottenere qualche centinaio di mhz in più, cosa che in molti giochi rende di più dei 2 core aggiuntivi tutt'oggi.
Non faccio rendering né video editing, altrimenti avrei scelto il quad.
Attualmente otterrei qualche vantaggio dal quad solo per velocizzare l'avvio ed avere un po' di reattività in più da win vista (attualmente comunque ottima) e per boinc.
Diverso sarà con la prossima generazione di cpu, dove effettivamente sarà un must il quad core.
Su un altro pc ho un 6600 e va una bomba con boinc, ma su questo ho scelto volutamente un dual

[davide155]

Sono punti di vista personali.

[gabi.2437]

Il succo è che nei giochi tanto conta la scheda video quindi cioè il processore conta poco e niente... una cpu dura 2 anni e passa come prestazioni, anzi, fai anche 3 (l'E6600 va ancora più che bene, mi sa che batte i 4 anni )

[Trokji]

Dipende quali giochi e quale processore..il q6600 rimane tutt'oggi ottimo, tuttavia la generazione successiva ha introdotto alcuni miglioramenti che non sono del tutto trascurabili

[gabi.2437]

Su un E6600 (la prima serie di Core2Duo eh) gira tutto, Crysis&co

[Trokji]

già anche su molti altri processori gira (credo addirittura sul penium D e sull'atlhon newcastle).. dipende come.
Di certo però gira meglio su e8500 o e 8600 che su Q6600, allo stesso modo in cui girerà meglio con core I7

[Mr6600]

buongiorno a tutti,
sono nuovo della sezione, ma non del forum di hwupgrade (quasi 1600 post!! )

faccio gia parte del progetto folding@home.
ho installato la versione SysTray del programma per Windows.

ho visto il benchmark nella pagina iniziale. il succo del discorso è che una scheda video da 100-150 euro, riesce a elaborare piu dati rispetto a un buon processore dual o quad-core?
vedere che la 9800GX2 fa segnare un punteggio 4 volte superiore rispetto a cpu spinte come il QX9770 mi stupisce, ma non piu di tanto.
quello che mi sembra strano, è vedere il recentissimo intel core i7 965 dietro schede video vecchie di due anni (8800GTS, 8800GT, ecc...).

[gabi.2437]

Sono due cose diverse

Un cavallo tira un aratro molto meglio di un uomo, ma il secondo può far molte più cose del primo

E idem processore e scheda video, la seconda è una roba specifica per la grafica e poco altro, il processore invece fa girare tutto...

Infatti per i giochi ci vuole processore E scheda video, non due icore7

E qua è la stessa cosa, dove si può la scheda video è potente e elabora molto velocemente, ma può elaborare solo poche cose, solo alcune categorie di WU mentre il processore fa tutto.

[Mr6600]

Originariamente inviato da gabi.2437

Sono due cose diverse
Un cavallo tira un aratro molto meglio di un uomo, ma il secondo può far molte più cose del primo
E idem processore e scheda video, la seconda è una roba specifica per la grafica e poco altro, il processore invece fa girare tutto...
Infatti per i giochi ci vuole processore E scheda video, non due icore7
E qua è la stessa cosa, dove si può la scheda video è potente e elabora molto velocemente, ma può elaborare solo poche cose, solo alcune categorie di WU mentre il processore fa tutto.

che cpu e gpu elaborano cose diverse, in modo diverso, lo sapevo. così come so che per giocare a dettagli massimi, non basta solo un processore potente (come credono molti noob :P)
mi stupiva solo vedere che una scheda video riesce a eseguire la simulazione di F@H in 1/3 o 1/5 del tempo che impiega la piu potente delle cpu che offre il panorama attuale.

cortesemente, mi passate il link da cui avete preso quell'immagine dei benchmark? vorrei vedere se esiste una lista piu completa e aggiornata.

[gabi.2437]

Era un sito tedesco di cui trovai il link sul forum di Folding, non saprei ritrovarlo...e cmq ben difficilmente troverai qualcosa di più nuovo... non che ci sia nuovo hardware tra l'altro

[Mr6600]

1. COS'E' IL FOLDING PROTEICO?
Le proteine sono dei composti organici molto complessi, che vengono sintetizzati dagli organismi viventi (animali e piante) utilizzando una serie di “mattoncini elementari” chiamati “amminoacidi”. Gli amminoacidi che formano le proteine sono 20 in totale.

Le funzioni svolte dalle proteine sono talmente numerose, che elencarle e discuterle tutte richiederebbe un libro di centinaia di pagine. Riassumendo, possiamo dire che hanno 2 funzioni principali:

1. Funzione strutturale : le proteine costituiscono il materiale strutturale di cui sono formati i capelli, le unghie, la pelle, gli artigli degli animali (alfa e beta-cheratine), i tessuti connettivi come i tendini (collagene) ed i nostri muscoli (miosina e actina).
2. Funzioni regolatorie e di trasporto: gli enzimi, che regolano i processi metabolici del nostro corpo, sono tutti delle proteine. L’insulina, l’ormone che regola il metabolismo del glucosio e che viene somministrato ai diabetici, è anch’esso una proteina. Emogoblina e Miogoblina sono le proteine responsabili del trasporto dell’ossigeno nel sangue e nei tessuti. Anche gli anticorpi, che hanno il compito di difendere il nostro organismo dalle aggressioni esterne, sono delle proteine.

Le proteine vengono sintetizzate a partire dal DNA, che contiene al suo interno tutte le informazioni necessarie per creare la corretta sequenza di amminoacidi che formerà la proteina.

La successione di amminoacidi all’interno di una proteina costituisce la struttura primaria. Gli amminoacidi che formano le proteine sono solo 20, ma questi si possono ripetere più volte lungo la catena. Proteine di piccole dimensioni contengono un centinaio di amminoacidi, mentre le proteine più grandi contengono fino a 10.000 – 20.000 amminoacidi.
Ecco una rappresentazione schematica della struttura primaria di una proteina, in cui ogni pallina corrisponde ad un amminoacido.



Veniamo adesso al nocciolo della questione, ovvero quello di cui si occupa concretamente il progetto Folding@Home.
Affinché una proteina svolga correttamente le funzioni per cui è stata sintetizzata, non deve essere rispettata solo la struttura primaria, ma anche la sua struttura secondaria, terziaria e quaternaria.

La struttura secondaria è una struttura spaziale, regolare e ripetitiva, che può essere di 2 diversi tipi: α-elica (in cui la catena proteica si avvolge come una vite) e foglietto pieghettato β (in cui la catena proteica assume una struttra planare)


La struttura terziaria riguarda la disposizione delle alfa eliche e dei foglietti beta in strutture ancor più complesse chiamate domini o subunità.
In figura vediamo un esempio di struttura terziaria. Evidenziate in rosso le alfa-eliche e in giallo i foglietti beta.


Ogni subunità, può aggregarsi ad altre subunità creando una struttura ancor piu complessa, la struttura quaternaria. In figura, è mostrata la disposizione spaziale delle 4 subunità (alfa1, alfa2, beta1, beta2) che formano l’emoglobina umana, ognuna evidenziata con un colore diverso:


Conoscere la sequenza amminoacidica di una proteina (la struttura primaria) ci dice ben poco circa le sue funzioni, infatti per svolgere correttamente le proprie funzioni, le proteine devono assumere una corretta disposizione tridimensionale (la struttura secondaria, terziaria e quaternaria di cui abbiamo appena parlato). Il processo di avvolgimento delle proteine in una struttura tridimensionale organizzata e regolare, viene chiamato folding (dall’inglese TO FOLD = piegare).

Si ritiene che malattie come il morbo di Alzheimer, il morbo di Parkinson, il morbo della mucca pazza (noto anche come BSE = encefalopatia spongiforme bovina) e molti tipi di cancro, siano il risultato di un processo non corretto di folding delle proteine (misfolding).
La conclusione a cui si è pervenuti è che: IL CORRETTO AVVOLGIMENTO (FOLDING) DI UNA PROTEINA È CRITICO PER IL CORRETTO FUNZIONAMENTO DELLA PROTEINA STESSA.

Per comprendere come le proteine possono avvolgersi, è necessario effettuare delle simulazioni al computer, utilizzando programmi specifici. Credo che F@H utilizzi il software GROMACS. Potete verificare questo aprendo il file logfile_01.txt che si trova nella cartella C:\Documents and Settings\NOME UTENTE\Dati applicazioni\Folding@home-x86\work. Leggerete la dicitura: Folding@Home Gromacs Core Version 1.90 (March 8, 2006)

Se si considera che il numero di amminoacidi presenti in ogni proteina è dell’ordine di 100 – 10.000 (vedi struttura primaria), è facile capire queste enormi molecole (macromolecole) possono avvolgersi in un numero enorme di modi differenti!!

2. QUALI OPERAZIONI ESEGUE IL PROGRAMMA DI F@H?
Ogni qual volta avviate F@H, il vostro computer esegue una serie di calcoli atti a simulare il modo in cui una proteina può avvolgersi, tenendo conto di tutte le forze interatomiche che si stabiliscono tra le centinaia di migliaia di atomi che formano la proteina (abbiamo detto che le proteine più grandi hanno un numero di amminoacidi dell’ordine 10.000 – 20.000, ma ogni amminoacido è formato da circa 10-20 atomi, quindi il conto è presto fatto!).
In definitiva, F@H È UNA SIMULAZIONE VIA SOFTWARE DELLA STRUTTURA SECONDARIA, TERZIARIA E PRIMARIA DI ALCUNE PROTEINE COINVOLTE IN MALATTIE COME ALZHEIMER, PARKINSON, CANCRO, ecc....

Per complicare ulteriormente le cose, ricordate che le proteine non sono isolate, ma negli organismi viventi si trovano circondate da molecole di acqua (ambiente acquoso), quindi una simulazione che abbia senso deve tener conto anche delle interazioni tra le molecole di acqua e la proteina. Infine, ogni simulazione deve tenere conto della temperatura. Una proteina può avvolgersi in una determinata maniera a 20°C, ma può avvolgersi in maniera completamente differente a 30°C o a 35°C. Conclusione: al variare della temperatura, il folding della proteina varia di conseguenza.

Adesso, dovreste aver capito come mai anche un velocissimo processore N-core lanciato a 6 GHz, impiega tante ore per effettuare questi calcoli: la mole di lavoro richiesta per una simulazione completa e accurata è davvero impressionante!

[gabi.2437]

Copia-incollato tutto, col tempo migliorerò il tutto

[Mr6600]

ho scaricato fahmon, come ho letto nelle prime pagine del topic, per cercare di calcolare il mio PPD.
non capisco come si usa però. ho selezionato la voce Strumenti -> Benchmark ma si apre una nuova finestra, completamente vuota, che sulla sinistra ha una colonna chiamata Progetti.

da dove comincio per calcolare il mio PPD?

[gabi.2437]

http://theovalich.wordpress.com/2008...olding-at-hom/

http://theovalich.wordpress.com/2008...uture-reveale/


Interessante

"The team at Stanford is taking some necessary steps to re-do the workflow and introduce local memory share. This could take months, so realistic goal is to have a new client coming in Q1′09.
Once that Radeon 4870 gets fully utilized, those 800 shaders and 70% of theoretical value (700-800 GFLOPS instead of 1-1.2 TFLOPS) should be good enough for reaching the level of GTX280."

Insomma, la serie 4000 ha una roba extra chiamata "local memory share", una specie di cache interna che però ora non è sfruttata dal progetto, quando lo sarà ci sara un bell'incremento prestazionale

Un pò come il Tesseling, la ATI è avanti, ma nessuno supporta la sua roba

[gabi.2437]

Fahmon

Apri Fahmon, clic destro in mezzo all'area bianca, nuovo client, dagli un nome qualunque, sfoglia e cerca sotto C:\Users\nomepc\AppData\Roaming dove c'è la cartella Folding@Home-gpu, selezionala e pigia ok et voilà

[Trokji]

Io ho una 4850 anche se spero presto di poter prendere una scheda + potente
Speriamo che sfruttando questa cache si abbiano prestazioni in più.
Comunque avete qualcosa riguardo ai risultati raggiunti dal progetto? intendo in termini di risultati "pratici" che cosa si è scoperto sfruttando i dati elaborati eccetra

[gabi.2437]

Basta seguire il blog

http://folding.typepad.com/

Un mucchio di risultati e pubblicazioni, compresa una MOLTO promettente sull'alzheimer

L'ultima pubblicazione, la 61-esima:

http://folding.typepad.com/news/2009...influenza.html

61 pubblicazioni scientifiche (scientifiche= non articoletto su La Stampa che inizia con "Gli esperti...") sono TANTE

Link ai vari "paper", le pubblicazioni: http://folding.stanford.edu/English/Papers

[Trokji]

Ti ringrazio, le leggerò attentamente