[Rosetta] Topic ufficiale

[The Force]

io personalmente no... ho solo fatto copia incolla aspettando che qualcuno ci capisse qualcosa e spiegasse un pò

[Scasc]

Originariamente inviato da Cab123

MA QUALCUNO CI HA CAPITO QUALCOSA?

Sono andato a vedere i miei risulati.
In pratica, mi sembra di aver capito che vengono mostrati in rosso i risultati che hai calcolato tu, confrontandoli coi risultati calcolati dagli altri (in blu).
Col termine RMSD (ascissa) dovrebbe essere indicata la differenza tra la vera forma della proteina e la forma che è stata calcolata. Si applica solo se la forma della proteina che si sta calcolando è già nota.
Col termine energy (ordinata) dovrebbe essere indicata una specie di energia residua dei legami chimici della proteina. In pratica, più il parametro energy è basso, più è probabile che la forma della proteina sia uguale alla forma che si sta calcolando. La forma della proteina alla fine risulterà molto simile (almeno secondo Rosetta) a quella che ha il parametro energy più basso tra tutte le forme calcolate dai vari scaccolatori.
Se hai i tuoi risultati dovrebbero stare in basso a sinistra. Comunque mi pare che i crediti li diano lo stesso anche se hai il puntino rosso in alto a destra .

Va beh, ho detto la mia...

[exofly]

Originariamente inviato da Scasc

Col termine energy (ordinata) dovrebbe essere indicata una specie di energia residua dei legami chimici della proteina

Dovrebbe essere il DeltaG (energia libera). Le molecole, nel loro stato di quiete, sono al minimo valori di DeltaG (che può essere alterato ad esempio fornendo calora).
Una sorta di equilibrio energetico. Quindi di tutte le elaborazioni prodotte, quella che risulta a minor Energia libera sarà la forma finale della molecola finale.

IMHO.

[gabi.2437]

quello si

Una proteina, quando deve ripiegarsi, di sua iniziativa assume la forma che richiede meno energia mentre per ripiegarsi con altre forme bisognerebbe fornigli energia...

[The Force]

ma tutto questo dove si vede? nel grafico in elaborazione?

[gabi.2437]

boh, qua si stava facendo più che altro un discorso teorico...della news copiata e incollata non ci ho capito nulla

[Scasc]

Originariamente inviato da The Force

ma tutto questo dove si vede? nel grafico in elaborazione?

Ho appena aperto il grafico della caccola che il mio criceto sta or ora scaccolando .

In alto a sinistra, i riquadri "searching" e "accepted" mostrano la forma della proteina che il PC sta calcolando istante per istante.
Il riquadrino piu piccolo tutto a destra, appena sopra le scritte, mostra "RMSD" sulle ascisse e "Energy" sulle ordinate (i due valori che interessano a Rosetta). La "croce" bianca che si sposta segna i due valori che il PC ha appena calcolato, relativi appunto alla forma che si sta vedendo in quel preciso istante nei due riquadri "searching" e "accepted". I pallini verdi nello stesso riquadro indicano i valori che il PC ha calcolato in precedenza durante l'elaborazione della WU.
Di solito ci sono due fasi nell'elaborazione della WU: nella prima avviene tutto molto velocemente e si calcolano in modo approssimato i valori per un gran numero di forme possibili; alla fine della prima fase viene scelta la forma "migliore" tra tutte quelle appena calcolate (basandosi proprio sui due valori calcolati), poi nella seconda fase, dove tutto avviene molto lentamente, si calcolano in modo più accurato pochi valori (cioè valori relativi a poche forme) nell'"intorno" della forma che era stata scelta alla fine della prima fase. "Intorno" vuol dire che le forme calcolate nelle seconda fase assomigliano molto alla forma che era stata scelta alla fine della prima fase.

Ho scritto interpretando, per quello che conosco di inglese, la pagina "Quick guide to Rosetta and its graphics" accessibile direttamente dalla home page di Rosetta.

Così a naso mi sembra un po' come un "brute force" per le password , applicato però alle forme delle proteine.

[The Force]

fin qui ci sono, ma non capisco dove sia la novità... il grafico è in quel modo da un pezzo ormai...

[The Force]

wow, Rosetta è stato aggiornato alla versione 5.32!

Rosetta@home has been updated to version 5.32 -- our first update after CASP7. The new update has two major new features:
1. protein sidechains are shown in the graphics during Rosetta full-atom simulation stage (left) DETTAGLI ;
2. a new type of structure prediciton task -- protein-protein docking is running on Rosetta@Home now (right) DETTAGLI ;

[gabi.2437]

Ma appena boinc comunicherà col server, scaricherà la nuova versione e la vedrò in funzione subito con le WU che ho ora o devo aspettar quelle nuove?

[The Force]

non saprei... le mie sono già aggiornate... credo dipenda da quando le hai scaricate

[gabi.2437]

Mah qualche giorno fa...

Cmq qua è tutto intasato e lo sarà per un pò, col cambio a 6 ore devo smaltire le WU in eccesso

[The Force]

l'aggiornamento è di ieri quindi è probabile che le wu siano ancora vecchie.

[Cab123]

Originariamente inviato da gabi.2437

Mah qualche giorno fa...

Cmq qua è tutto intasato e lo sarà per un pò, col cambio a 6 ore devo smaltire le WU in eccesso

ma come fate a mettere più di una WU in esecuzione? Io mando una sola WU alla volta.............

[gabi.2437]

Originariamente inviato da Cab123

ma come fate a mettere più di una WU in esecuzione? Io mando una sola WU alla volta.............

Vai nelle preferenze e aumenti il numero di giorni di cache che vuoi...di default è 0.1 (quindi hai WU per almeno 0,1 giorni), ma l'account della flotta lo ha settato a 10giorni...quindi ho WU per 10 giorni circa...
Se improvvisamente il tempo per completarle cambia da 3 ore a 6 ore, un pò intasato lo sono

[The Force]

di default è 1, mi pare... quanto consigliate di mettere?

[gabi.2437]

di default è 0.1 forse...metti...boh, quanto vuoi, io metterei 1 o 2..si sa mai...

[Cab123]

grazie gabi sempre ottime info

ho riempito con altre WU la coda ma comunque ne ho solo una in esecuzione

[Hiaggy]

Flotta Stellare sfonda Rac3000 piazzandosi all' 87° posto nel RacMondiale!

D'obbligo il "pavoneggiamento" sul trend ufficiale...

[Cab123]

Vai ragazzi OTTIMO, gran risultato, diamo na mano a sti ricercatori daiiiiiiiiiii