Folding@Home

[LDP]

gabi.2437 Capisco cosa vuoi dire, anche se però io sono Più per il dedicarsi a uno o massimo due progetti alla volta (scelti in base al merito) al fine di non disperdere le risorse così da donare dei risultati alla comunità scientifica in tempi relativamente brevi,(e far progredire la scienza velocemente) per poi passare ad un altro progetto ......
Quindi sono un pò contrario al dover alternare, situazione quasi inevitabile con Bionic.
Mentre il folding@home garantisce lo sfruttamento pieno e constante nel tempo delle risorse.
Penso che ho spiegato il mio punto di vista.
Cmq come dicevo sono punti di vista sull' argomento e ognuno si regola in base a come ritiene più coretto.

p.s
Credo che molto probabilmente quando il folding@home giungerà a conclusione, passero cmq a Bonic alla ricerca di prog. Meritevole. (Sempre se non lo trovo al difuori del Bionic)

[davide155]

Ecco una cosa che volevo sapere riguardo a folding è.......mantenendo questa velocità di teraflop quanto tempo ci vorrà affinchè si giunga a "conclusione"?

[gabi.2437]

È ovvio che folding@home non finirà mai, per il semplice fatto che la ricerca prosegue sempre

E cmq BOINC (che non è bionico...ancora!) garantisce lo sfruttamento delle tue risorse

Ah ecco un altro vantaggio, supporto fino a 16core senza accrocchi con più client e stringhe aggiunte qua e là o client speciali (e cmq 16core è solo perchè ci han messo un numero eh...)

[LDP]

Originariamente inviato da davide155

Ecco una cosa che volevo sapere riguardo a folding è.......mantenendo questa velocità di teraflop quanto tempo ci vorrà affinchè si giunga a "conclusione"?

A questa velocità due anni e qualcosina, ma Molto probabilmente visto che Secondo molti la velocità è destinata ad aumenterà, anche meno.

È ovvio che folding@home non finirà mai, per il semplice fatto che la ricerca prosegue sempre

Il Folding in quanto Folding@home che studia come si avvolgono le proteine ha una fine ben precisa, visto che le proteine hanno un numero finito e i possibili modi per avvolgersi sono finiti.

Poi ovviamente dalle fondamenta Folding@home nasceranno altri progetti certamente, ma saranno qualcosa di leggermente diverso e prenderà un 'altro nome, magari con all' interno la parola folding.


Molto probabilmente salveranno anche i punti fatti per stimolare i vecchi utenti a continuare, ma comunque sarà qualcosa di leggermente nuovo, molto probabilmente riguarderà il trovare molecole che indurranno le proteine ad avvolgersi in modo corretto oppure molecole che attaccano le cellule con date configurazioni proteiche ecc.......

[gabi.2437]

Ecco ora voglio sapere quel 2 anni e qualcosina dove sbuca

[LDP]

Originariamente inviato da gabi.2437

Ecco ora voglio sapere quel 2 anni e qualcosina dove sbuca

Dalla Stanford !!!!!!!!
In origine prevederono che fossero necessari oltre 30 anni ma poi grazie alle GPU e alla PS3 ......
Se cerchi lo trovi sul sito della Stanford

[s12a]

Originariamente inviato da LDP

Dalla Stanford !!!!!!!!
In origine prevederono che fossero necessari oltre 30 anni ma poi grazie alle GPU e alla PS3 ......
Se cerchi lo trovi sul sito della Stanford

Di recente mi sembra di aver letto un post sul forum ufficiale da parte di un membro del Pande Group che non c'e` una vera e propria data di scadenza del progetto.

[gabi.2437]

Per forza non c'è...

I tempi che danno riguardano le ricerche che hanno in corso, ovviamente si concentrano su alcune cose, se no non arriverebbero a niente

Ma teoricamente il progetto potrà considerarsi concluso quando si saprà il preciso ripiegamento di OGNI proteina, oltre alle varie versioni difettose ecc... cosa al momento improponibile, si conosce la struttura solo di ben poche del totale ...

È un argomento talmente vasto che una cosa è certa, ci sarà sempre qualcosa da fare

[LDP]

Un utente Tempo a dietro posto il link di una pagina del sito della stanford riguardante le comunicazioni sul progetto folgin@home ed era riportate le seguenti affermazioni, ovvero che si era passati dai 30 anni preventivati a meno di 3 (con quella velocità ) per concludere il progetto.
Ora devo uscire, però se vi fate una scorsa dei vecchi post dovreste trovare questa cosa .....

p.s

È un argomento talmente vasto che una cosa è certa, ci sarà sempre qualcosa da fare

Le proteine esistenti sono un numero finito (Anche se grande) e i possbili folding lo sono altrettanto quindi prima o poi deve finire !!!!!!

[LDP]

Non la riesco a trovare trai post vecchi (anche se ho fatto una ricerca estremamente rapida) , ne nel sito della Stanford (ma il mio inglese è scandente) quelle cose che ho detto sui tempi, anche se sono abbastanza sicuro che qualcuno prima di me su questo forum li ha dette. Ma.........!!!!!

Cmq il folding@home ha registrato un' altro aumento generalizzato ed è arrivato a quota 3,960petafloap. Quindi sempre più vicini al traguardo dei 4 peta !!!!
Forse già domani!!!! (Incrociamo le dita)

[gabi.2437]

Ci credo a quello che dici, ma è anche vero che quella stima era legata alle ricerche che hanno attualmente in corso, se guardi sono solo su poche proteine, l'argomento non è infinito certo... come non sono infiniti i granelli di sabbia però a contarli ci vuole tanto

[iuccio]

Possiamo mantenere questo thread per le discussioni relative a FOLDING@Home e non a chi ce l'ha più lungo tra Folding e BOINC?

@LDP:

Visto che non si tratta di una cosa fatta tanto per fare ma di una forma di volontariato, ti sarei grato se la smettessi di sbagliarne il nome. BOINC non BIONIC.

[LDP]

Originariamente inviato da iuccio

@LDP:
Visto che non si tratta di una cosa fatta tanto per fare ma di una forma di volontariato, ti sarei grato se la smettessi di sbagliarne il nome. BOINC non BIONIC.

È stato un errore involontario nulla di premeditato, non ho sbagliato per mancanza di rispetto verso il BOINC.
Ora che ci penso ho capito anche una delle battute Gabi, che sul momento non avevo capito.
Anche se devo dire che BIONIC come nome non sarebbe stato male, gli dava un senso di forza e di futuristico.

Seriamente ho grande rispetto per la Piattaforma Bonic.

l'argomento non è infinito certo... come non sono infiniti i granelli di sabbia però a contarli ci vuole tanto

Stai un pò Esagerando !!!!!

Oltre sei sicuro che non si conoscono tutte le proteine umane !!!!!
Io sapevo (ma ovviamente è più che possibile che sbagli) che la sequenziazione proteica fosse stata completata già da molti anni (Ora non vorrei dire fesserie, ma pensavo che si ignorasse soltanto per alcune di loro la funzione specifica, non le loro strutture).

Cmq Sopratutto per una questione di cultura personale mi sono ripromesso di studiarmi un po' l' argomento nei prossimi giorni.

Ci credo a quello che dici, ma è anche vero che quella stima era legata alle ricerche che hanno attualmente in corso.

In pratica tu ritieni che quelle stime non riguardavano tutto il folding, ma solo un parziale lavoro che si erano pre-programmati in origine.
Invece io quelle stime le avevo intese come valore totale del progetto.

Cmq il tempo certamente chiarirà questi dubbi ...... (Anche perché, niente niente alla fine del primo blocco di lavoro preventivato, come minimo festeggeranno )

p.s
Se il primo blocco riguarda tutte le proteine interessate alle malattie che intenderono studiare :
Morbo di Alzheimer
Morbo di Huntington
Cancro
Osteogenesis imperfecta
Morbo di Parkinson
....

Be non male come primo blocco, chi sa quale sarà il prossimo.

[Trokji]

Io sapevo (ma ovviamente è più che possibile che sbagli) che la sequenziazione proteica fosse stata completata già da molti anni (Ora non vorrei dire fesserie, ma pensavo che si ignorasse soltanto per alcune di loro la funzione specifica, non le loro strutture).

E' stato completato il sequenziamento del genoma umano, ma il proteoma è argomento molto più vasto e complesso sul quale c'è ancora molto da sapere.
Perdipiù anche nel caso del genoma sono state trovate le sequenze di basi di tutti i geni umani, ma poi il modo in cui i geni vengono attivati ed inattivati, possono essere modificati o i modi in cui possono interagire l'uno con l'altro tutt'oggi sono stati spiegati solo in piccola parte.

[LDP]

Trokji Grazie per la Delucidazione.

Originariamente inviato da Trokji

[.....] ma poi il modo in cui i geni vengono attivati ed inattivati, possono essere modificati o i modi in cui possono interagire l'uno con l'altro tutt'oggi sono stati spiegati solo in piccola parte.

Questo lo sapevo .....

[davide155]

Originariamente inviato da LDP

Seriamente ho grande rispetto per la Piattaforma Bonic.

Spero tu l'abbia RI-fatto apposta

[gabi.2437]

No non sto esagerando, figuriamoci se in 2 anni (ma nemmeno in 30...) scoprono la struttura e come si ripiegano TUTTE le proteine umane (e relative varianti) e risolvono il problema del Folding... (inteso come concetto, non il progetto!)

Quali proteine abbiamo ce lo dice il DNA quindi si, le conosciamo tutte, però solo a livello di catena, questa catena poi deve appunto ripiegarsi ed è ciò che si sta analizzando, non solo da Folding ma anche da molti altri progetti diversi

Se ci fate caso le proteine che studiamo gira gira sono sempre le stesse (sul sito c'è una descrizione delle proteine dei vari progetti) e anche la struttura di una singola proteina va analizzata partendo da tante condizioni iniziali diverse...è un lavoro abnorme

[LDP]

Originariamente inviato da gabi.2437

Se ci fate caso le proteine che studiamo gira gira sono sempre le stesse (sul sito c'è una descrizione delle proteine dei vari progetti) e anche la struttura di una singola proteina va analizzata partendo da tante condizioni iniziali diverse...è un lavoro abnorme

Diciamo che a questo punto concordo che le proteine in studio attualmente (in quella che io ho arbitrariamente chiamato primo blocco) siano un numero relativamente piccolo, visto che riguardano solo le proteine associate a quel gruppo di malattie che prima ho elencato ovvero:
Morbo di Alzheimer
Morbo di Huntington
Cancro
Osteogenesis imperfecta
Morbo di Parkinson
....

e non la miriade di altre proteine conosciute e per lo più sconosciute che interessano i tantissimi alti processi umani, concordo anche che i possibili folding possano essere tanti per ogni proteina, ma definirlo un “lavoro abnorme” è un po' esagerato come termine.

Originariamente inviato da gabi.2437

No non sto esagerando, figuriamoci se in 2 anni (ma nemmeno in 30...) scoprono la struttura e come si ripiegano TUTTE le proteine umane (e relative varianti) e risolvono il problema del Folding... (inteso come concetto, non il progetto!)

Questa affermazione la ritengo leggermente ingenua, perché mi ricorda le tantissime affermazioni fatte sulla scienza negli ultimi 100 anni, in particolare per quanto riguarda l'informatica.
L' evoluzione scientifica (a patto che ci si investi molto) ha una crescita esponenziale, quindi non sottovaluterei la velocità dell' evoluzione scentifica.

Originariamente inviato da davide155

Spero tu l'abbia RI-fatto apposta

È l'unica volta che ho sbagliato appositamente per sdrammatizzare.


.......
Forse ora converrebbe tornare a discutere di argomenti convenzionali relativi al folding@home.
Ma poi quelli che avevano problemi con i client li hanno risolti ?!?!?! Ma!!!

[gabi.2437]

Il punto è che il problema del folding è una cosa parecchio difficile da sbrogliare, ogni 2 anni fanno una competizione, il CASP, per testare nuovi metodi per calcolare le strutture, quest'anno si è concluso il CASP 8, poi ci sono molti progetti dedicati alle proteine come puoi vedere...e questi solo di calcolo distribuito, ci sono altri modi ancora fattibili solo in laboratorio, tipo la cristallografia, ovvero analizzano le proteine coi raggi x per veder la struttura (metodo lento e costoso però) ecc...

Non dubito che col tempo il tutto si velocizzerà tantissimo (basta vedere folding@home, ora ha a disposizione gpu velocissime e quadcore) ma è anche vero che è un campo sterminato quello che si sta studiando

[LDP]

Noi però stiamo parlando solo di una piccolissima sezione di questo campo sterminato, che però ovviamente va a bacetto con alcune altre piccole sezioni.

Cmq Bisogna dare il tempo al tempo e attendere ed investire sopratutto.
Cmq sarà interessante riprendere l' argomento tra qualche anno e vedere come sono cambiate le cose nei fatti e nella percezione dei tempi per il futuro.