le pendrive sono retrocompatibili, quindi una usb3 funzionerà senza problemi in una porta usb2, si limiterà solo ad essere lenta tanto quanto fosse una usb2 anche lei
il problema semmai si porrebbe nel caso opposto e con sistemi operativi mediamente vecchi (diciamo da w7 in giù), quando una qualsiasi pendrive (usb3, usb2, usb1) collegata ad una porta usb3 della mobo non verrebbe "vista" e quindi non potresti farci il boot perchè nell'installatore dell'OS mancano i driver per pilotare le porte usb3 della mobo
quindi, nel tuo caso nessun problema
ciao ciao