Innanzitutto, non devi usare la versione base di Virtualdub (che importa solo videoclip in formato AVI ed MPEG) ma la versione "Mod", che possiede il supporto nativo anche per i files MKV: questo significa che li puoi aprire ed editare direttamente all'interno del programma o salvarli in un altro formato, cioè in AVI, magari comprimendo i dati con il codec Divx.
Ho difficoltà a dirti esattamente come procedere in quanto non ho mai editato o convertito files MKV e non ne conosco la struttura: immagino però che, utilizzando Virtualdub Mod, le procedure da seguire siano identiche a quelle che si seguono con gli altri formati video.
In pratica, dovresti scaricarti l'ultima versione di Virtualdub Mod (il link te lo avevo già postato in precedenza), avviare il programma, aprire il file MKV ed esportarlo in formato AVI con il comando "Save as...". Ovviamente devi scegliere il codec di compressione video ed impostarne i parametri. Penso che, al di la di ogni altra considerazione, ti toccherà comunque fare un po' di prove e tentativi per trovare le impostazioni ottimali. Tra queste devi trovare quelle che regolano la distribuzione dei key frames e l'ampiezza dell'intervallo tra di essi.
In linea generale, la procedura per ricomprimere un file in formato AVI con tutti i programmi della "famiglia" di Virtualdub è questa:
http://www.divxdoor.it/index.aspx?pa.../vdubdivx.html
In questa guida sono illustrate anche le impostazioni da dare ad alcuni codec specifici.
Altre procedure per Virtualdub le trovi descritte qui:
http://www.divxdoor.it/index.aspx?pa...irtualdub.html
Queste invece sono delle guide specifiche per Virtualdub Mod:
http://www.tuttoperinternet.it/lezio...aldub_Xvid.htm
http://digilander.libero.it/andypani...ldub_Xvid.html
http://www.megalab.it/articoli.php?id=641