[Rosetta] Topic ufficiale
 

Introduzione: (da Wikipedia)
Rosetta@home è un progetto di Calcolo distribuito per predire e architettare le strutture delle proteine. La sua sede è ai "Baker Laboratory" all'Università di Washington, e uno dei capi di questo progetto è David Baker (Professore di biochimica all'Università di Washington.

Il progetto gira sulla piattaforma Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC).

Scopo del progetto: (da Wikipedia)
Lo scopo del progetto è quello di apprendere informazioni importanti sulle proteine per combattere malattie come HIV, Malaria, Cancro e il Morbo di Alzheimer.

Altre informazioni ed approfondimenti: (dal sito ufficiale e in inglese)

• La home page del progetto;
• Le finalità e le varie fasi del progetto;
• Lista dei paper pubblicati con i risultati ottenuti dal progetto;
• Video ufficiale su Rosetta@home girato dagli stessi ricercatori (in inglese)

Stato del progetto e delle iscrizioni:
Progetto attivo
Iscrisioni aperte

Requisiti minimi a livello hardware:
Per partecipare al progetto è consigliato almeno un 500MHz (o equivalente), 256MB di memoria RAM (per ogni WU in elaborazione) e 200MB di spazio su disco fisso.
Maggiori dettagli QUI.

Screensaver:
Lo screensaver mostra in tempo reale i dati della proteina, lo stato dell'avanzamento dell'elaborazione e tutte le varie informazioni tecniche.


Disponibilità di Work Unit: Ottima
Il lavoro è sempre disponibile. Raramente si possono verificare problemi o down in cui per brevi periodi non è possibile ottenere nuove work units. Una cache settata a 2 o 3 giorni assicura piena efficienza a un pc moderno che lavora 24h/7g. Seguire sempre questo thread per conoscere in anticipo eventuali down programmati e non rimanere senza lavoro.

Down programmati: Nessuno
Al momento non sono in programma down settimanali programmati. Potete controllare la situazione del progetto sulla home page tra le news e lo stato dei server QUI.

Applicazioni disponibili:
v5.64 per Windown/x86 (stabile) - rosetta_5.64_windows_intelx86.exe
v5.64 per Windows/x86_64 (stabile - rosetta_5.64_windows_x86_64.exe
v5.64 per Linux/x86 (stabile ma sono stati riscontrati frequenti errori di elaborazione durante l'utilizzo) - rosetta_5.64_i686-pc-linux-gnu
v5.64 per Linux/x86_64 (stabile) - rosetta_5.64_x86_64-pc-linux-gnu
v5.64 per Mac OS X (stabile) - rosetta_5.64_powerpc-apple-darwin
v5.64 per Mac OX X/Intel (stabile) - rosetta_5.64_i686-apple-darwin

Work units disponibili: (nome: taglia_download, taglia_upload, deadline, occupazione RAM)
xxxKB - xxxB - 10 giorni - dai 100MB ai 200MB circa;


N.B:

• Le WUs sono molto diverse tra loro e hanno dimensioni variabili a seconda del tipo di proteina studiata.
• La deadline è fissata a 10 giorni dal download.
• Ogni processo di Rosetta in esecuzione può richiedere fino a 150MB di RAM e 250MB di memoria virtuale (file di paginazione).

Tempi di elaborazione: La caratteristica di rosetta è che l'utente può scegliere il tempo di elaborazione delle WU dal pannello delle preferenze specifiche del progetto (Target CPU run time ). Di default è 3 ore, ma può essere modificata fino a 24 ore. Una via di mezzo accettabile potrebbe essere 6 o 8 ore. Effettuate i cambiamenti gradualmente, in modo da non avere problemi di deadline con le wu già scaricate.

Assegnazione crediti: I crediti assegnati per le WU di Rosetta variano in base alla quantità di modelli elaborati. Più un PC è veloce, più modelli elaborerà nel tempo impostato per ogni WU e più crediti riceverà. Il quorum è settato a una sola WU con replicazione iniziale 1.

Applicazioni ottimizzate: Nessuna
Al momento non è previsto lo sviluppo di applicazioni ottimizzate ufficiali e i sorgenti dell'applicazione non sono ancora stati resi disponibili.

Problemi e domande comuni:

• WU che ripartono da 0% in seguito a sospensioni o riavvio del PC: è un comportamento del client noto agli utenti ed agli sviluppatori di rosetta, che è stato risolto con l'ultima release del client (5.64). In pratica capitava che al riavvio dell'elaborazione la percentuale di elaborazione della WU si azzerava. In realtà si azzerava solo la percentuale e il tempo di elaborazione, ma l'elaborazione non era persa e ripartiva dall'ultimo checkpoint (salvataggio) effettuato. Con i nuovi client il problema non si dovrebbe più verificare, se vi capita segnalatelo!
• La percentuale di elaborazione torna indietro quando riparte l'elaborazione: anche questo è un comportamento noto alla comunità di rosetta, in quanto il client effettua il salvataggio del lavoro (checkpoint) durante l'elaborazione di una WU solo quando passa da un modello ad un'altro. Quindi se l'elaborazione viene terminata prima che venga terminata l'elaborazione di un modello al successivo riavvio tale modello dovrà essere ricalcolato da capo. Per limitare questo inconveniente ed evitare di perdere il lavoro svolto con rosetta, ci sono alcuni settaggi consigliati da effettuare nelle impostazioni generali del progetto (la più importante tra tutte è Leave applications in memory while suspended? da settare su YES), trovate tutte le informazioni dettagliate in questi post di LucaB76: LINK_1, LINK_2, LINK_3.
• A quanto conviene impostare il tempo di elaborazione delle WU (Target CPU run time) su Rosetta? E' indifferente oppure ci sono delle scelte migliori?: assolutamente indifferente. La scelta del tempo di elaborazione è appunto lasciata all'utente che, in base alle proprie esigenze/preferenze può decidere la durata delle WU. Si può settare da un minimo di un'ora a un massimo di 24 ore. Per chi ha una connessione internet lenta (56k) è preferibile settare un tempo lungo di elaborazione in modo da dover trasferire meno dati. Il tempo settato di default è 3 ore ed è quello utilizzato dalla maggior parte degli utenti, mentre molti altri preferiscono aumentarlo a 6 - 8 ore. Per i crediti non cambia nulla perchè vanno in base ai modelli elaborati, mentre con tempi più lunghi di elaborazione si è più utili alla ricerca perchè vengono eseguiti più modelli sulle WU.
• Si può modificare la durata delle WU già in cache?: si, e questa è un'altra delle caratteristiche di rosetta. Si può diminuire il Target CPU Run Time per liberare la cache più rapidamente, magari per far posto ad altri progetti o per terminare velocemente le WUs al limite di deadline. Oppure si può aumentare il Target CPU Run Time per far durare più a lungo le WUs già in cache, per ridurre il traffico di rete o per salvaguardarsi da possibili down della rete.
  Ogni cambiamento mirato a un innalzamento del Target CPU Run Time deve essere graduale, per evitare di mandare lo scheduler in "panic mode" (overcommited sui Manager 5.4.11 o deadline troubles sui Manager 5.8.x).
  La modifica del Target CPU Run Time si effettua dalle preferenze specifiche per Rosetta e va "resa operativa" con un update manuale del progetto da BOINC Manager.
  La modifica del parametro può portare da subito ad una terminazione immediata o ad un allungamento improvviso dei tempi di calcolo poichè il client di Rosetta controlla se proseguire o interrompere l'elaborazione in corso sulla proteina alla fine dei ogni Modello o all'inizio di una nuova proteina. Come ulteriore conseguenza, tutte le WUs già in cache, ovviamente già precedentemente scaricate, risentiranno della modifica ancor prima di essere mandate in esecuzione poichè le WUs appena ricevute dal server non contengono informazioni sulla durata richiesta, ma hanno solo i parametri legati alla composizione della proteina.

Link utili:
URL per l'Attach a Rosetta@home: http://boinc.bakerlab.org/rosetta (da copiare e incollare nel Boinc Manager)
Link per effettuare il Join a BOINC.Italy su Rosetta@home
Classifica interna del team BOINC.Italy su Rosetta@home
Statistiche per Rosetta@home di BOINC.Italy su BOINCstats

Referente/i per Rosetta@home: -
Per qualsiasi problema riguardante questo progetto di calcolo distribuito, fare riferimento a questo thread ufficiale. Non c'è un referente ufficiale per questo progetto, se qualcuno è interessato a prendere l'incarico e vuole dare una mano diventando referente, può postarlo in questo thread o contattare GHz in PVT.

Quello è semplicemente l'elenco di tutti coloro che hanno trovato la struttura della proteina con il minimo di energia (meno energia ha una proteina-->più è probabile che assuma quella forma, quindi una forma che richiede pochissima energia ha alte probabilità di apparire nella realtà rispetto a una che ne richiede di più ed è importante conoscerla)

Ogni utente elabora la sua WU con la proteina e gli fa assumere varie forme e ne calcola l'energia, evidentemente le forme per proteina sono tante e sono divise in varie WU, a chi capita la WU con la forma a minor energia di quella proteina...viene pubblicato lì :D

ok, su questo c'ero, ma il punto è che questa volta è diverso, non c'è solo la predizione come al solito, ma hanno fatto un discorso più lungo e ci sono i nomi degli 8 fortunati che hanno beccato la giusta proteina.

C'era un topic vecchio su rosetta di qualche pagina, comunque possiamo tenere questo come ufficiale. Visto che sei uno dei maggiori scaccolatori e supporter di questo progetto sarai il nostro referente per questo progetto e provvederai a tenere aggiornato il primo post con tutte le info sul progetto (come lo decideremo a breve, in modo da standardizzare tutti i topic ufficiali).
Ok? :D

Non so da quanto sia li quel link "top predicions" ma non vedo nessuna news recente che annuncia risultati particolari....ogni giorno vengono inseriti nelle news i 2 partecipanti che hanno trovato i migliori risultati (minore energia, ecc) e in quella pagina mi sembra che ci siano i top di tutte le varie elaborazioni effettuate (CASP7 target T0296, CASP6 target T0198, 1b72_9FULLSTRANDBAR, ecc).

ciao, io ho cercato con la funzione cerca, ma non ho trovato alcun risultato...

ok, fatemi sapere

si, in genere c'è sempre lo scaccolatore, il nome della wu, i 2 piani cartesiani e i 2 modelli 3d... ma questa volta, in data 12 settembre, ci sono i nomi di 10 scaccolatori e i 2 modelli 3d belli grandi... vi volevo solo chiedere ce ci fosse un motivo particolare. :stordita:

da assiduo scaccolatore di Rosetta nel team Boinc.Italy mi iscrivo alla discussione! Purtroppo stanotte parto e per 10 gg si interromperà lo scaccolamento, ma prometto faville computazionali per il mio ritorno!! :D

chi lo contatta?

eh, appartiene già al Rosetta Team Terni - Italy... :cry:

Di dui è unico membro e fondatore :D

Penso che in compagnia si troverà meglio :O :D

Ho visto che hanno pubblicato anche i risultati e gli scaccolatori che hanno elaborato la WU migliore per CASP7 target T0363 domain 1!

Rosetta@Home è un bel progetto, molto seguito dallo staff, con aggiornamenti e news frequenti, cose interessanti come le "top predictions" e altro, già per tutto questo, merita

appunto ghz, era quello che mi aveva insospettito e mi aveva spinto ad aprire il topic, non è la solita predizione del giorno, ma qualcosa di più grosso e importante! :D

Mi sono appena iscritto la progetto Rosetta. :D
Speriamo di dare una mano alla ricerca.
bye bye

Edito per chiedere una cosetta:
Il pc ha finito di calcolare i primi 2 pacchetti che il client ha ricevuto, ha fatto l'aupload e ora lo status di quei pacchetti recita ready to report.
Cosa devo fare??
Grazie
Mi rispondo da solo.. non avevo letto uno dei tread in rilievo.. scusatemi

Ho riscoperto Rosetta da un mese a questa parte, e dato il Rac impressionate della Flotta Stellare, direi di non essere l'unico nel mini-team! :D
E' bello inoltre vedere quante posizioni abbiamo fatto guadagnere a Boinc.Italy da quando abbiamo iniziato a scaccolare pesantemente sul progetto. :p
E' senza dubbio un più "nobile" progetto rispetto al fratellone spaziale, senza nulla togliere a Seti naturalmente, ma sicuramente con risultati a più breve termine. Peccato solo che i media non diano mai spazio informativo alla piattaforma Boinc e i progetti sostenuti, con un pò più di pubblicità sono sicuro ci sarebbero molti più utenti in questa sezione del forum... :rolleyes:

Nulla devi fare

BOINC è fatto apposta per far tutto in automatico, anzi, è meglio che non tocchi nulla e lasciargli fare ciò che le impostazioni che hai messo gli dicono di fare, magari hai messo di collegarsi solo ogni tot giorni o altro, quindi i 2 pacchetti sono finiti e ready to report ma non li ha ancora inviati

a causa della scomparsa del funghetto eravamo calati parecchio, ma la botta di rac da 2500 e oltre hanno contribuito a risalire. Tornasse anche lui... :D

Tornassero le classifiche EEH... :cry: :cry: :cry: :help: :help: :help:

Anche io sto scaccolando con Rosetta e con questo mi iscrivo alla discussione :)

Ciao ragazzi siccome appoggio in pieno la CAUSA per il quale questo prgetto è nato, voglio dare il mio contributo.........
C'è solo un problema, non mi si connette. Quando mi fà scegliere il progetto io gli inserisco il link a rosetta ma m dice network comunication failure ( dice anche che può essere dovuto al firewall o alla mia connessione o che uso un proxy server per connettermi e che non ho inesrito il suo indirizzo. Ho disattivato tutto firewall antivirus, ma niente non si connette. he mi conisigliate di fare? Grazie a tutti

Io invece non c'entro niente, ma ci voglio stare lo stesso :D :O . E poi non e' detto che in un lontano giorno di pioggia non giri un pc su rosetta. Intanto faccio il tifo e guardo dalla finestra :mano:

nessuno mi può aiutare.....? please :(