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gabi.2437 17-02-2009 17:37

No, semplicemente perchè le WU di Rosetta macinano modelli per un tempo determinato dall'utente :D E di default è 3 ore, quindi per 3 ore macina modelli sulla WU, poi chiude e spedisce quelli fatti (ah non è che a 3 ore chiude e scarta quello a metà che sta facendo eh, lo porta a termine l'ultimo... non che di solito ci voglia molto). Più potente è il processore, più modelli fai in quel periodo e più punti fai

Puoi cambiare il periodo, 3 ore, 6 ore etc fino a 24ore... qua abbiamo 6ore noi di Flotta

davide155 17-02-2009 17:40

Quote:

Originariamente inviato da Polpi_91 (Messaggio 26338075)
il tempo è calcolato in base al loro sistema di di riferimento, quindi loro se ti amndano un WU di 3h am il loro riferimento è un P4 @ 2.0Ghz è sicuro che ci impieghi di meno a svolgerla.

io l'ho notato quando con certe WU sono al 60% dopo 60min e mi dice tempo rimenente di oltre un'ora ma in realtà la finisco in una quarantina di minuti

Eppure i conti tornano........25% dopo 50 minuti......moltiplica i 50 minuti per quattro (25% x 4 = 100%) e ti da più di 3 ore.


Boh :mbe:

Polpi_91 17-02-2009 17:41

Quote:

Originariamente inviato da gabi.2437 (Messaggio 26338113)
No, semplicemente perchè le WU di Rosetta macinano modelli per un tempo determinato dall'utente :D E di default è 3 ore, quindi per 3 ore macina modelli sulla WU, poi chiude e spedisce quelli fatti (ah non è che a 3 ore chiude e scarta quello a metà che sta facendo eh, lo porta a termine l'ultimo... non che di solito ci voglia molto). Più potente è il processore, più modelli fai in quel periodo e più punti fai

Puoi cambiare il periodo, 3 ore, 6 ore etc fino a 24ore... qua abbiamo 6ore noi di Flotta

per rosetta lo so che al WU la determino io, io parlavo di altri progetti tipo ABC o SETI dove la lunghezza non la determino io

davide155 17-02-2009 17:41

Quote:

Originariamente inviato da gabi.2437 (Messaggio 26338113)
No, semplicemente perchè le WU di Rosetta macinano modelli per un tempo determinato dall'utente :D E di default è 3 ore, quindi per 3 ore macina modelli sulla WU, poi chiude e spedisce quelli fatti (ah non è che a 3 ore chiude e scarta quello a metà che sta facendo eh, lo porta a termine l'ultimo... non che di solito ci voglia molto). Più potente è il processore, più modelli fai in quel periodo e più punti fai

Puoi cambiare il periodo, 3 ore, 6 ore etc fino a 24ore... qua abbiamo 6ore noi di Flotta

Ahhhhhhhh..........quindi non è che ti danno un pacchetto da sgretolare.
Ti danno un tot di tempo e più pacchetti sgretoli in quel tempo e più crediti ti danno.

Ho capito........è un sistema diverso dal folding. E' per questo che non ci arrivavo......

gabi.2437 17-02-2009 17:42

Polpi si riferiva a folding :asd: E ciò che dice ha senso infatti, ma per folding...te invece parli di rosetta (folding non è su BOINC) :D

Yep, tra Folding e Rosetta c'è proprio una differenza di metodi, non sono due progetti identici, studiano le proteine ma con metodi diversi, diciamo che quello di Folding è più preciso e rigoroso perchè simula i movimenti della proteina passo passo fino alla fine, cosa che però è MOLTO MOLTO MOLTO pesante come richiesta di potenza di calcolo! Una proteina fa un sacco di movimenti casuali prima di trovare la sua forma finale

Rosetta no, cerca la forma con minor energia, ovvero quella che alla fine assume la proteina (se faccio cader un qualcosa a terra, questo raggiunge la posizione con minor energia, ovvero a terra, non rimane sospeso a mezz'aria) e lo fa buttando a random milioni e milioni di tentativi (se guardi il grafico vedi che appunto ci son le strutture, una è la migliore di quel modello, una è l'ultima considerata valida e l'altra è quella attuale, che di solito cambia MOLTO velocemente (migliaia al secondo nella ricerca a bassa risoluzione, di meno quando passa poi a quella ad alta), non a caso ovviamente! Ma sfruttando algoritmi fatti apposta per beccare la struttura finale nel modo più efficiente possibile (il tentativo con la proteina a forma di pikachu ecco non lo tenta neanche)
Funziona? Si e anche molto bene, come dimostrano i vari paper e i grafici dove sovrappongono la struttura simulata a quella reale

Polpi_91 17-02-2009 17:42

edit: già chiarito

davide155 17-02-2009 17:43

Si si parlavo di rosetta........avevo anche specificato BOINC.
Ma non rosetta :fagiano:

Polpi_91 17-02-2009 17:46

Quote:

Originariamente inviato da davide155 (Messaggio 26338201)
Si si parlavo di rosetta........avevo anche specificato BOINC.
Ma non rosetta :fagiano:

Folding ti da un pacchetto e lo lavori finchè non è finito
Rosetta invece ti da un apcchetto e lo lavori per un tempo che decidi tu

gabi.2437 17-02-2009 17:49

Che poi approfondendo, quelli di Folding ti dan la proteina e ti dicono "simulami cosa fanno i suoi atomi per questo tot di tempo", Rosetta invece "piglia sta proteina e ripiegala di modo da farmi dei modelli attinenti alla realtà, ti dò 3 ore (di default)"
Per questo per Folding è importante restituir la WU in fretta, il passaggio successivo non si può fare finchè non ritorna il risultato precedente

Insomma, si monta la simulazione totale un pacchetto alla volta! E nel log file potete vedere all'inizio dell'elaborazione "run clone gen" che vi dice che punto del ramo dell'enorme albero della simulazione di quella proteina (ovviamente si portano avanti più simulazioni di una proteina, magari in un caso gli atomi decidono di piegarsi in un modo mentre nell'altra decidono di piegarsi di là, tutto è regolato dall'agitazione atomica, pura fisica!) fa parte la WU

davide155 17-02-2009 17:52

Capito........sono due modi diversi per fare la stessa cosa.

gabi.2437 17-02-2009 17:53

Esatto, entrambi efficienti, mi preme di ricordare (insomma che non si venga a dire che rosetta è "ah quelli che fan le proteine tirando la monetina" :D )

davide155 17-02-2009 17:53

Quote:

Originariamente inviato da gabi.2437 (Messaggio 26338303)
E sotto messages potete vedere all'inizio dell'elaborazione "run clone gen" che vi dice che punto del ramo dell'enorme albero della simulazione di quella proteina (ovviamente si portano avanti più simulazioni di una proteina, magari in un caso gli atomi decidono di piegarsi in un modo mentre nell'altra decidono di piegarsi di là, tutto è regolato dall'agitazione atomica, pura fisica!) fa parte la WU

Questa cosa non la vedo.......in che punto esatto del programma?

gabi.2437 17-02-2009 17:56

Quote:

Preparing to commence simulation
[18:38:43] - Looking at optimizations...
[18:38:43] - Files status OK
[18:38:44] - Expanded 88445 -> 447304 (decompressed 505.7 percent)
[18:38:44] Called DecompressByteArray: compressed_data_size=88445 data_size=447304, decompressed_data_size=447304 diff=0
[18:38:44] - Digital signature verified
[18:38:44]
[18:38:44] Project: 4744 (Run 6, Clone 407, Gen 3)
[18:38:44]
[18:38:44] Assembly optimizations on if available.
[18:38:44] Entering M.D.
[18:38:50] Will resume from checkpoint file
[18:38:50] Working on p4744_lam5w_300K
[18:38:50] Client config found, loading data.
[18:38:50] Starting GUI Server
[18:38:53] Resuming from checkpoint
[18:38:53] Verified work/wudata_09.log
[18:38:53] Verified work/wudata_09.edr
[18:38:54] Verified work/wudata_09.xtc
[18:38:54] Completed 12%
[18:42:37] Completed 13%
[18:46:20] Completed 14%
Quando comincia (o riprende se fai partire il programma) una WU

davide155 17-02-2009 17:58

Quote:

Originariamente inviato da gabi.2437 (Messaggio 26338411)
Quando comincia (o riprende se fai partire il programma) una WU

Non ce l'ho quella voce, cmq se ce l'avessi cosa dovrei schiacciare? Sopra quella scritta "clone"?

gabi.2437 17-02-2009 18:02

Ma no, apri il log file e cerca, non c'è niente da cliccare, è solo una curiosità

(in effetti messages è su boinc, su folding status-->log file ma il succo è quello)

davide155 17-02-2009 18:13

Quote:

Originariamente inviato da gabi.2437 (Messaggio 26338508)
Ma no, apri il log file e cerca, non c'è niente da cliccare, è solo una curiosità

(in effetti messages è su boinc, su folding status-->log file ma il succo è quello)

Ahhhhhhhhhh vabbè.......ti dice il nome in codice.

Su ps3 invece è fatto molto meglio. In pratica pigiando un tasto ti dice tutta la descrizione della proteina che stai elaborando, che tipo è, a cosa serve e che risultato può restituire. Credo si possa fare anche con folding cpu e gpu. Ma non ho mai provato.

gabi.2437 17-02-2009 18:15

Per pc se vai sul sito puoi cercare i vari progetti e ti dà una piccola descrizione

davide155 17-02-2009 18:21

Quote:

Originariamente inviato da gabi.2437 (Messaggio 26338703)
Per pc se vai sul sito puoi cercare i vari progetti e ti dà una piccola descrizione

E' si si infatti.......

davide155 17-02-2009 18:46

No ragazzi c'è qualcosa che non va in boinc.

Adesso anche dopo un ora e mezzo mi da 100% WU completata. Pronta da riportare.

Non è che l'overclock produce errori di calcolo e non finisce la WU?

Ps: Noto ora che fra le opzioni di boinc c'è scritto "cambia applicazione ogni 60minuti". I minuti si possono cambiare a piacimento. Forse è questa che dopo 1 ora cambia WU e non è l'overclock??

Polpi_91 17-02-2009 19:08

Quote:

Originariamente inviato da davide155 (Messaggio 26339210)
No ragazzi c'è qualcosa che non va in boinc.

Adesso anche dopo un ora e mezzo mi da 100% WU completata. Pronta da riportare.

Non è che l'overclock produce errori di calcolo e non finisce la WU?

Ps: Noto ora che fra le opzioni di boinc c'è scritto "cambia applicazione ogni 60minuti". I minuti si possono cambiare a piacimento. Forse è questa che dopo 1 ora cambia WU e non è l'overclock??

quell'opzione cambia automaticamente la WU su cui il PC lavora ogni ora, mettendone una in pausa e facendone partire un'altra che hai in coda.

L'oc riduvce i tempi. io ho una serie dei WU di seti da 57 minuti che le finisco in 45/47 min

davide155 17-02-2009 19:10

Quote:

Originariamente inviato da Polpi_91 (Messaggio 26339530)
quell'opzione cambia automaticamente la WU su cui il PC lavora ogni ora, mettendone una in pausa e facendone partire un'altra che hai in coda.

L'oc riduvce i tempi. io ho una serie dei WU di seti da 57 minuti che le finisco in 45/47 min

No invece mi da proprio il 100% della WU da 3 ore, dopo 1 oretta di elabroazione :rolleyes:

Polpi_91 17-02-2009 19:14

Quote:

Originariamente inviato da davide155 (Messaggio 26339569)
No invece mi da proprio il 100% della WU da 3 ore, dopo 1 oretta di elabroazione :rolleyes:

parli sempre di rosetta vero?

davide155 17-02-2009 19:18

Trovata la risposta nel thread di boinc in prima pagina:

Passa da un'applicazione all'altra ogni ... minuti: imposta il numero di minuti dedicati da BOINC a ogni progetto; alla fine dell'intervallo specificato viene eseguito un nuovo check per controllare quale applicazione deve essere ripristinata e mandata in esecuzione.
ATTENZIONE: Intervalli troppo brevi impediscono ad alcuni progetti di salvare il lavoro svolto prima di venire sospesi: in questo modo tutti i progressi svolti in quello slot di elaborazione verranno persi; per evitare problemi, meglio usare valori superiori a 60 minuti.


Adesso capisco il perchè mi mandava le WU al 100% e le spediva.
Ora non dovrebbe più farlo......gli ho messo 200 minuti.

Polpi_91 17-02-2009 19:21

Quote:

Originariamente inviato da davide155 (Messaggio 26339680)
Trovata la risposta nel thread di boinc in prima pagina:

Passa da un'applicazione all'altra ogni ... minuti: imposta il numero di minuti dedicati da BOINC a ogni progetto; alla fine dell'intervallo specificato viene eseguito un nuovo check per controllare quale applicazione deve essere ripristinata e mandata in esecuzione.
ATTENZIONE: Intervalli troppo brevi impediscono ad alcuni progetti di salvare il lavoro svolto prima di venire sospesi: in questo modo tutti i progressi svolti in quello slot di elaborazione verranno persi; per evitare problemi, meglio usare valori superiori a 60 minuti.


Adesso capisco il perchè mi mandava le WU al 100% e le spediva.
Ora non dovrebbe più farlo......gli ho messo 200 minuti.

perfetto

gabi.2437 17-02-2009 19:23

Secondo me la spiegazione è un'altra, se non salva i progressi riparte da 0, non spedisce

Prima spiegazione: c'è un limite ai modelli per WU, questo perchè se sono troppi c'è il rischio che risulti con errore per motivi strani (numero troppo grosso, boh non lo so) e lo hanno limitato

Seconda: Se per fare un modello ci mette tanto, magari non ne inizia un'altro e chiude e spedisce la WU

Fai così, vai sul sito e linkaci quella WU precisa e vediamo se te la dà valida o con errore e cosa dice il sdderr out

P.S. c'è un topic ufficiale su Rosetta eh :asd:

davide155 17-02-2009 19:38

Quote:

Originariamente inviato da gabi.2437 (Messaggio 26339750)
Secondo me la spiegazione è un'altra, se non salva i progressi riparte da 0, non spedisce

Prima spiegazione: c'è un limite ai modelli per WU, questo perchè se sono troppi c'è il rischio che risulti con errore per motivi strani (numero troppo grosso, boh non lo so) e lo hanno limitato

Seconda: Se per fare un modello ci mette tanto, magari non ne inizia un'altro e chiude e spedisce la WU

Fai così, vai sul sito e linkaci quella WU precisa e vediamo se te la dà valida o con errore e cosa dice il sdderr out

P.S. c'è un topic ufficiale su Rosetta eh :asd:

Si infatti, siamo troppo offtopic.

Cmq è come dicevo io. Adesso che ho alzato a 200 minuti le WU stanno andando avanti senza problemi. Una addirittura è al 70%, mentre prima già al 40% venivano inviate come complete.

gabi.2437 17-02-2009 20:56

Ma anche no :asd: Cioè, se erano complete coi punti...erano andate bene no? Mah

Cmq concludo spiegando perchè per Folding c'è il client GPU sia ATI che Nvidia e bello ottimizzato mentre per Rosetta probabilmente non lo vedremo mai :D

Folding applica le formule e tecniche della dinamica molecolare e bon, simula i movimenti degli atomi, il client è sempre quello alla fine, lo si ottimizza per i nuovi processori ma il succo non cambia
Rosetta invece ogni volta cambia algoritmi per predire i modelli a bassa energia con più efficienza, quindi loro ogni volta dovrebbero riscrivere pure il client GPU :D

davide155 17-02-2009 21:02

Quote:

Originariamente inviato da gabi.2437 (Messaggio 26341181)
Ma anche no :asd: Cioè, se erano complete coi punti...erano andate bene no? Mah

Cmq concludo spiegando perchè per Folding c'è il client GPU sia ATI che Nvidia e bello ottimizzato mentre per Rosetta probabilmente non lo vedremo mai :D

Folding applica le formule e tecniche della dinamica molecolare e bon, simula i movimenti degli atomi, il client è sempre quello alla fine, lo si ottimizza per i nuovi processori ma il succo non cambia
Rosetta invece ogni volta cambia algoritmi per predire i modelli a bassa energia con più efficienza, quindi loro ogni volta dovrebbero riscrivere pure il client GPU :D

Qui nei miei risultati non da nessun segno di quelle WU di poco fa.......ne ha spedite 4-5 in sequenza eppure non sono visualizzate:

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/re...?userid=265476

Lascia stare il "compute error" che c'è li. E' successo ieri che mi si è bloccato a causa dell'oc un paio di volte proprio mentre era acceso boinc.



Ps: Prima con il vecchio client, boinc usava solo il processo IDLE del processore. Adesso invece sembra che abbia massima priorità lui e che mi rallenti il pc. Come faccio a ritornare alla vecchia "opzione"?

gabi.2437 17-02-2009 21:10

No, va in idle anche adesso e non dovrebbe rallentarti... non è che col quadcore hai 4 wu in esecuzione e siccome rosetta mangia un pò tanta ram... ti pesa sulla ram?

davide155 17-02-2009 21:34

Quote:

Originariamente inviato da gabi.2437 (Messaggio 26341420)
No, va in idle anche adesso e non dovrebbe rallentarti... non è che col quadcore hai 4 wu in esecuzione e siccome rosetta mangia un pò tanta ram... ti pesa sulla ram?

Ma ho limitato la ram apposta........boh......

gabi.2437 17-02-2009 21:37

Beh, 4 core, 4 wu, la ram se la prendono se gliela dai :D

davide155 17-02-2009 22:02

Quote:

Originariamente inviato da gabi.2437 (Messaggio 26341802)
Beh, 4 core, 4 wu, la ram se la prendono se gliela dai :D

Speriamo sia questo......

LDP 18-02-2009 00:14

davide155
Vedi quanti problemi si hanno quando ci si dedica alle imitazioni e si abbandona la strada dell' originale !!!! :muro:
L' unico programma per foldare è il folding@home, tutto il resto sono imitazioni.....:D :D :D

gabi.2437 18-02-2009 13:35

Io gli unici problemi che ho avuto in generale sono stati con folding, sisi... BOINC gira sempre paziente sotto ogni cosa, crysis compreso :D

Polpi_91 18-02-2009 15:04

Quote:

Originariamente inviato da gabi.2437 (Messaggio 26349059)
Io gli unici problemi che ho avuto in generale sono stati con folding, sisi... BOINC gira sempre paziente sotto ogni cosa, crysis compreso :D

io ieri avevo BOINC + msn + windows mwdia player + football manager 2009 + internet + emule e non faceva una piega

gabi.2437 18-02-2009 15:06

E mai farà una piega, l'unico problema che potrebbe sorgere sta nell'uso della RAM da parte di BOINC ma... ammenoche non pigli progetti pesanti, è quasi nullo

Polpi_91 18-02-2009 15:27

Quote:

Originariamente inviato da gabi.2437 (Messaggio 26350849)
E mai farà una piega, l'unico problema che potrebbe sorgere sta nell'uso della RAM da parte di BOINC ma... ammenoche non pigli progetti pesanti, è quasi nullo

137.000 kb un progetto di rosetta
68.000 kb uno di ABC
34.000 kb uno di seti

adesso ho 2 rosetta + 1 ABC + 1SETI e di ram non ho problemi

LDP 18-02-2009 16:04

Ricordo a tutti che questa è l' aria ufficiale del Folding@home e non dei copioni mal riusciti del folding@home..... :mad:
:Prrr: :D
Cmq sarà che sono io ellato da morire, ma Bonic mi ha sempre dato una marea di grattacapi, quando ho tentato di provarlo o di aiutare amici a provarlo....:doh:
Mentre il folding@home mi va ed è andato ad i miei amici liscio come l' olio....
Ma è anche vero che in informati è sempre presente il fattore C..... senza quello tutto è destinato ad incasinarsi....
Digressione a parte, Spero che nella discussione dedicata al folding@home si torni a parlare di Folding@home....
Approfitto per dare la notizia che il folding@home ha superato ufficialmente la soglia dei 5 PetaF. Mi dispiace che non si sia dato adeguato spazio alla notizia...

p.s
Seti e ABC, :muro: potenza sprecata.....:D :D :D

davide155 18-02-2009 18:45

Quote:

Originariamente inviato da gabi.2437 (Messaggio 26350849)
E mai farà una piega, l'unico problema che potrebbe sorgere sta nell'uso della RAM da parte di BOINC ma... ammenoche non pigli progetti pesanti, è quasi nullo

Questo non è vero........windows appena avviato mi pesa 1.1gb.

Con boinc acceso dopo un oretta arrivo sopra i 2gb occupati.

Parlo del file di paging ;)

gabi.2437 18-02-2009 19:17

Del file di paging non me ne frega niente e no, BOINC non mangia memoria così for fun :rolleyes: Il consumo di memoria lo si vede direttamente dal task manager, nè di più nè di meno

E LDP, per aver problemi con boinc devi essere niubbo forte, chissà cosa gli hai fatto poverino :eek:


Tutti gli orari sono GMT +1. Ora sono le: 13:08.

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